バイオインフォマティクス

最新情報

MKI三井情報では、バイオインフォマティクス関連のプロダクトをご紹介しております。掲載プロダクトにかかわらず、お客様に最適なプロダクトをご提案いたしますので、お困りの点、課題等がございましたら、フォームよりお気軽にお問い合わせください。

ノンラベル液体クロマトグラフィー質量分析測定(LC/MS)に対応した多検体サンプル解析＆マーカー探索ツールです。 LC/MS計測で得られるデータを 質量電荷比(m/z)、ピーク強度(I)、保持時間(RT)、サンプル(S) の4つの要素から成るものとしてとらえ、さまざまな2次元画像に展開して解析するシステムです。
2DICAL パンフレット(800.0KB)

2DICAL (2 Dimensional Image Converted Analysis of Liquid chromatography mass spectrometry) is a Label-Free Multi-Sample Comparative Analysis System Corresponding to Liquid Chromatography - Mass Spectrometry. 
2DICAL is a software package to assist in biomarker detection from LC-MS data. The software compares ion-peak intensity derived from biomolecules identified with mass-to-charge ratio (m/z) and column retention times (RT) in a large number of measuring data.
The 2DICAL brochure(1.5MB)

※記載されている社名・商品名は、各社の商標または登録商標です。

バイオインフォマティクス解析に特化した、専用解析サーバーを提供するクラウドサービスです。
AWSにかかる費用を固定にし、監視・運用・保守まですべてMKIにお任せいただくことが可能です。事前にお客様のご要望をお聞きした上で、MKIが提案するサービスメニュー（サーバ・監視運用その他サポート・オプション）を選択いただきます。
提供するインスタンスタイプやプリインストール済ソフトウェアは順次拡大予定です。

１）サービス仕様（リソース提供：サーバ）

２）サービス仕様（コンサルティング/解析作業役務提供/その他サポート） 

3) コンサルティング・解析オプション（詳細） 

4）その他オプション 

通常オプション
・Amazon S3ストレージ100GB追加（オンラインストレージサービス）
・Amazon EBSストレージ100GB追加（仮想サーバHDD）
・データ転送量100GB追加/月（AWSからのデータ送信量）
・Amazon Route53（DNSサービス）
・Amazon ELB（ロードバランサー）
・Amazon VPC接続（仮想プライベートネットワーク環境）

MKI三井情報では、バイオインフォマティクス関連のサービスをご提供しております。掲載サービスにかかわらず、お客様に最適なサービスをご提案いたしますので、お困りの点、課題等がございましたら、お気軽に右上のお問い合わせフォームにて、お問い合わせください。

1975年にバイオサイエンスの研究開発に参画して以来30年以上に渡り、三井情報は先進的なIT技術をバイオサイエンスの研究に応用していく取組みを進めて参りました。 ポストゲノム時代を迎え、当社のバイオインフォマティクスに関する知識と経験は今後のバイオサイエンスの発展に大いに役立つものと確信しております。 

三井情報は最先端の技術をお客様に提供し健康で持続可能な社会の発展に貢献します。

ゲノム・トランストリプトーム・プロテオーム  糖鎖・脂質・メタボローム・パスウェイ  医療・薬学・創薬・その他

ゲノム

トランスクリプトーム

プロテオーム

糖鎖

脂質・メタボローム

パスウェイ

医療

薬学・創薬

その他

・肺腺癌の多段階発生過程におけるDNAメチル化異常 
濱田賢一1,2, 新井恵吏1, 河野隆志3, 高橋順子4, 深町幸宏4, 蔦幸治5, 渡辺俊一6, 吉田輝彦7, 淺村尚生2，金井弥栄1
1慶應義塾大学医学部病理学教室，2慶應義塾大学医学部外科学教室（呼吸器）, 3国立がん研究センター研究所ゲノム生物学研究分野, 4三井情報株式会社ソリューションセンターバイオメディカル室, 5関西医科大学付属病院臨床検査医学科, 6国立がん研究センター中央病院呼吸器外科,7国立がん研究センター研究所基盤的臨床開発研究コアセンター
第58回 日本肺癌学会(2017)

・拡張代謝パスウェイデータベース「M-path」の構築 
小川哲平1)、牧口大旭1)、荒木通啓2),3)
1)三井情報株式会社　2)京都大学 大学院医学研究科　3)神戸大学 大学院科学技術イノベーション研究科
トーゴーの日シンポジウム2017(2017)

・多層的疾患オミックス解析のための統合データベース ”iDOx DB” 
田中啓太1)、中川寛之1)、友田史緒里1)、高橋順子1)、金井弥栄2)、松本健治3)、南野直人4)、斎藤嘉朗5)、吉田輝彦6)
1)三井情報株式会社、2)慶應義塾大学医学部、3)国立成育医療研究センター、4)国立循環器病研究センター、5)国立医薬品食品衛生研究所、6)国立がん研究センター研究所
トーゴーの日シンポジウム2017(2017)

・ホルマリン固定パラフィン包埋組織はゲノム網羅的DNAメチル化解析に利用できる
Formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples are available for genome-wide DNA methylation analysis 
尾原健太郎1，新井恵吏1，深町幸宏2，高橋順子2，込山元清3，藤元博行3，吉田輝彦4，金井弥栄1
1慶應義塾大学医学部病理学教室，2三井情報株式会社ソリューションセンターバイオメディカル室，3国立がん研究センター中央病院後腹膜・泌尿器科，4国立がん研究センター研究所基盤的臨床開発研究コアセンター
第76回日本癌学会(2017)

・Development of Extension Pathway for Human-Specific Metabolic Reactions 
Teppei Ogawa, Hiroki Makiguchi, Michihiro Araki
第6回生命医薬情報学連合大会(2017)

・Lipid Search5.0: A New Software for Processing Data from Direct Insufion and LC-MS High Resolution Mass Spectrometry Based Lipidomics Workflow 
David A Peake1 , Yasuto Yokoi2 , Yukihiro Fukamachi2 , Reiko Kiyonami1 , Elena Sokol 1 and Gavin Reid3 , 1Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA, USA; 2Mitsui Knowledge Industry Co., Tokyo, Japan; 3University of Melbourne, Parkville, Victoria, Australia
ASMS(2017)

・Development of Design Platform for Metabolic Pathways. 
Teppei Ogawa, Hiroki Makiguchi, Michihiro Araki
第5回生命医薬情報学連合大会(2016)

・バイオサイエンスデータベースセンターの各種RDFストアの整備状況と活用促進 
畠中秀樹1）、大波純一1）、大久保克彦2）、井上圭介3）、加藤健弘2）、杉崎太一朗4）、信定知江1）、八塚茂1）
1）科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター　2）株式会社日立製作所　3）株式会社日立公共システム　4）三井情報株式会社
第39回分子生物学会(2016)

・バイオプロセスデザインプラットフォームの構築
牧口 大旭、小川 哲平、荒木通啓
第39回日本分子生物学会（2016）

・生命科学データベース横断検索の情報検索高度化に向けた取り組み 
大波純一1)、杉崎太一朗2)、坂本麗2)、平井信一2)、牧口大旭2)、川本祥子3)、畠中秀樹1)
1)科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター　2)三井情報株式会社
3)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
トーゴーの日シンポジウム2016(2016)

・Integrated Software for Data Processing and Analysis in Direct Infusion Ultra-High Resolution / Accurate Mass Spectrometry Based ‘Top-Down’ Lipidomics Workflows; 
Yasuto Yokoi1 ; Yukihiro Fukamachi1 ; David Peake2 ; Reiko Kiyonami2 ; Eileen Ryan3 ; Gavin E Reid3 ; 1 Mitsui Knowledge Industry Co, Tokyo, Japan; 2 Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA; 3 University of Melbourne, Victoria, Australia
ASMS(2016)

・研究現場でのクラウド利活用ー事例から見る最適なサービス設計 
牧口大旭
三井情報株式会社
第16回IPABシンポジウム(2016)

・インシリコ代謝経路設計基盤の展開 
荒木通啓、牧口大旭、日本薬学会第136回年会（2016）小川哲平、近藤昭彦
日本薬学会第136回年会（2016）

・生命科学系データベースに含まれる外部データベースへのリンク及びダウンロードデータの状況調査と傾向分析
Investigation and trend analysis of external links and downloadable datasets in life science databases 
大波純一1、信定知江1、畠中秀樹1、宮崎敦子1、杉崎太一朗2、平井信一2、牧口大旭2、大久保克彦3、井上圭介4、川本祥子5,6 、高木利久1,7,8
1.科学技術振興機構・バイオサイエンスデータベースセンター 2.三井情報・バイオメディカル 3.日立製作所／情報・通信システム 4 日立公共システム・自治2
5. 情報・システム研究機構・ライフサイエンスデータベースセンター 6. 近畿大・院総合理工・遺伝カウンセラー 7. 遺伝研・DDBJセンター 8.東大・院理・生物科学
第38回分子生物学会(2015)

・遺伝カウンセラーのための情報検索サイトの活用とシステム最適化に関する検討
杉崎 太一朗1 大波 純一2 川本 祥子3,4
1　三井情報（株） バイオメディカル室
2科学技術振興機構・バイオサイエンスデータベースセンター(JST, NBDC) 3近畿大・院総合理工・遺伝カウンセラー
4情報・システム研究機構・ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
第38回分子生物学会(2015)

・M-Path＆PathPod：バイオプロセスデザインプラットフォームと統合型パスウェイデータベースシステム 
牧口大旭、小川哲平、近藤昭彦、荒木通啓
第38回分子生物学会（2015）

・生命科学データベース横断検索のメタ情報利用とインフラ環境強化
大波純一1)、杉崎太一朗2)、青木健一2)、平井信一2)、牧口大旭2)、川本祥子3)、畠中秀樹1)、三橋信孝1)
1)科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター　2)三井情報株式会社　3)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
トーゴーの日シンポジウム2015(2015)

・遺伝カウンセラーのための情報検索サイトの構築 
Information retrieval system for genetic counselor using NBDC cross search 
川本祥子1,3、大波純一2、杉崎太一郎4、田村和朗1、巽純子1、高木利久2 
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター2、情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター3、三井情報株式会社4
日本遺伝カウンセリング学会(2015)

・New approach for Metabolomics pathway analysis 
Oshida, T., Ogawa, T., Yokoi, Y., Fukamachi, Y., Araki, M., Makiguchi, H.
ASMS2015 (2015)

・代謝シミュレーション基盤を利用した網羅的メタボローム推定 
荒木通啓、牧口大旭、小川哲平、近藤昭彦
日本薬学会第135回年会（2015）

・Epigenome Mapping of Human Normal Purified Hepatocytes by the International Human Epigenome Consortium(IHEC): Personal Epigenome Variation and Genome-Epigenome Interaction 
Eri Arai, Fumihito Miura, Yasushi Totoki, Satoshi Yamashita, Ying Tian, Masahiro Gotoh, Hidenori Ojima, Hiroyuki Nakagawa, Yoriko Takahashi, Hiromi Nakamura, Natsuko Hama, Mamoru Kato, Tomoo Kosuge, Yutaka Suzuki, Takashi Ito, Tatsuhiro Shibata, Yae Kanai,.IHEC Science Day & Annual Meeting 2015 (2015)

・Development of M-path platform for Navigating Potential Metabolic Pathways
Teppei Ogawa, Hiroki Makiguchi, Masahiko Nakatsui, Robert Cox III, Akihiko Kondo, Michihiro Araki,.23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 14th European Conference on Computational Biology（2015）

・New approach for Metabolomics pathway analysis
Takehiro Oshida, Teppei Ogawa, Yasuto Yokoi, Yukihiro Fukamachi, Michihiro Araki, Akihiko Kondo, Hiroki Makiguchi,.63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics（2015）

・肝多段階発がん過程におけるエピゲノム異常: ウイルス性肝炎・肝硬変症のゲノム網羅的DNA メチル化解析
新井 恵吏、田 迎、後藤 政広、高橋 順子、尾島 英知、小菅 智男、金井 弥栄　第104回日本病理学会総会（2015）

・Genome-wide DNA methylation analysis in precancerous conditions associated with hepatitis B virus and hepatitis C virus infection
Eri Arai, Ying Tian, Masahiro Gotoh, Yoriko Takahashi, Hidenori Ojima, Tomoo Kosuge, Yae Kanai AACR Annual Meeting 2015（2015）

・Construction of M-path Database for Expanding Metabolic Pathways 
Teppei Ogawa, Hiroki Makiguchi, Masahiko Nakatsui, Robert Cox III, Akihiko Kondo, Takeshi Taniguchi, Kohei Miyaoku, Michihiro Araki,.Active Enzyme Molecule 2014（2014）

・生命科学系公開データベースの構成の分類と横断検索システムによる適切な探索方式の検討
大波 純一、杉崎 太一朗、青木 健一、平井 信一、牧口 大旭、宮崎 敦子、三橋 信孝、畠中 秀樹、川本 祥子　第37回日本分子生物学会（2014）

・生命科学系公開データベース情報を利用したコーパス構築
杉崎 太一朗、牧口 大旭、大波 純一、川本 祥子　第37回日本分子生物学会（2014）

・M-path: 拡張代謝パスウェイデータベースの構築
牧口 大旭、小川 哲平、中津井 雅彦、Cox III Sidney Robert、近藤 昭彦、谷口 岳志、宮奥 康平、荒木 通啓　第37回日本分子生物学会（2014）

・Higher Resolution LC-MS and MS-MS Analysis of Lipid Extracts using Benchtop Orbitrap-based Mass Spectrometers and LipidSearch Software
David Peake, Junhua Wang, Yasuto Yokoi, Yingying Huang,.62nd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics（2014）

・Lipidomics analysis using high-throughput search engine “LipidSearch”
Y. Yokoi, T. Oshida, Y. Fukamachi, D. Peake, J. Wang, Y. Huang, R.Taguchi,.1st Asian Conference on Oleo Science（2014）

・オミックス解析ソリューションへの取り組み
押田 健寛 JASIS2014 診断支援とメタボリック・プロファイング（2014）

・バイオプロセス合成経路データベース"M-path"の構築
小川 哲平、牧口 大旭、中津井 雅彦、Robert Cox III、近藤 昭彦、谷口 岳志、宮奥 康平、荒木 通啓　生命医薬情報学連合大会2014年大会（2014）

・MKIのバイオインフォマティクスから新たな価値創造へ
望月 洋明　生命医薬情報学連合大会2014年大会 キャリアセッション（2014）

・CpGアイランドメチル化形質陽性腎淡明細胞がんの多層的オミックス解析
新井恵吏、坂本裕美、尾野雅哉、高橋順子、宮田彩香、藤元博行、後藤政広、山田哲司、金井弥栄　第103回日本病理学会総会（2014）

・Multilayer omics analyses in CpG island methylator phenotype clear cell renal cell carcinomas
Eri Arai, Hiromi Sakamoto, Masaya Ono, Yoriko Takahashi, Sayaka Miyata, Hiroyuki Fujimoto, Masahiro Gotoh, Tesshi Yamada, Yae Kanai,.AACR Annual Meeting 2014（2014）

・生命科学横断検索システムを利用した遺伝カウンセリングに有用な情報検索 / Information retrieval system for genetic counseling using NBDC cross search
川本 祥子、大波 純一、杉崎 太一朗、田村 和朗、巽 純子、高木 利久　第59回日本人類遺伝学会/第21回日本遺伝子診療学会（2014）

・Reverse engineering and forward simulation modeling of renal cell carcinomas based on multilayer-omics analysis.
新井恵吏、高橋順子、坂本裕美、尾野雅哉、宮田彩香、藤元博行、山田哲司、吉田輝彦、金井弥栄　第73回日本癌学会学術総会（2014）

・New 2-Dimensional Image-Converted Analysis of Liquid Chromatography and Mass Spectrometry (2DICAL) Version with an Algorithm for High-Performance Mass Spectrometry Data
Tomohiro Sakuma, Miho Banno1, Masahiro Kamita, Tesshi Yamada, Masaya Ono,.61st ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics（2013）

・インシリコ創薬に向けた標的タンパク質モデリングからのアプローチ
佐藤美和　生命医薬情報学連合大会2013年大会（2013）

・がん抑制遺伝子PHLDA3による新規Akt抑制メカニズムの解明 
西川 雷羅、齋藤 梢、川瀬 竜也、佐藤 美和、並木 秀男、広川 貴次、大木 理恵子　第36回分子生物学会（2013）

・LipidSearchを利用したリピドミクス解析
押田 健寛　JASIS2013 診断支援とメタボリック・プロファイング（2013）

・Wonder 3: A new computer algorithm for identification of modified proteins by utilizing MS3 multiple tandem mass spectra
Tomohiro Sakuma, Masaya Ono, Hideya Kuwabara, Miho Banno, Masahiro Kamita, Tesshi Yamada,.60th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics（2012）

・Automated shotgun lipidomic analysis by the search engine LipidSearch using triple quad and ion mobility-TOF instruments
Yasuto Yokoi, Giuseppe Astarita, Giorgis Isaac, Jim Langridge, Norihiro Kikuch,.60th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics（2012）

・UPLC/MS and shotgun lipidomics using the search engine LipidSearch 
Yasuto Yokoi, Giuseppe Astarita, Giorgis Isaac, James Langridge, Alan Millar, Norihiro Kikuchi,.60th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics（2012）

・Higher-efficiency lipid profiling system using a quadrupole orbitrap mass spectrometer and an automated search engine Lipid Search
Takayuki Yamada, Takato Uchikata, Shigeru Sakamoto, Yasuto Yokoi, Eiichiro Fukusaki, Takeshi Bamba,.60th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics（2012）

・Development of a high-throughput lipid profiling method by using a quadrupole orbitrap mass spectrometer and an automated lipid identification software
Yamada T, Uchikata T, Sakamoto S, Yokoi Y, Fukusaki E, Bamba T. SFC 2012（2012）
※6th International Conference on Packed Column SFC BEST Poster Award Second Place を受賞しました
SFC2012
大阪大学馬場先生

・PHLDA3によるがん遺伝子Akt抑制メカニズムの解明 
齋藤 梢、川瀬 竜也、佐藤 美和、並木 秀男、広川 貴次、大木 理恵子　第34回分子生物学会（2011）

・フラグメントベースアプローチによるGPCRの立体構造予測
佐藤 美和、広川 貴次　第131回日本薬学会（2011）

・LipidSearchについて 
横井靖人　第52回脂質生化学会（2009）

・蛋白ID を用いたデータベース横断検索システム
畠中秀樹、平井信一、大野忠、多門啓子、高橋順子、押田健寛、牧口大旭、奥村利幸、川本祥子、西川哲夫、中村春木、高木利久　第10回日本蛋白質科学会年会（2010）

・生命情報データベースの横断検索システム：Web-API サービスの開発 
牧口大旭、高橋順子、川崎恭実子、川本祥子、高木利久　第32回日本分子生物学会（2009）

・キーワードと蛋白ＩＤを用いた横断検索システム 
畠中秀樹、平井信一、大野忠、高橋順子、牧口大旭、奥村利幸、熊谷禎洋、八塚茂、川本祥子、西川哲夫、中村春木、高木利久　第32回日本分子生物学会（2009）

・脂質同定システム Lipid Search 
横井靖人　第51回脂質生化学会

・統合型薬学情報ナビゲーションシステムの開発 
多門啓子、牧口大旭、荒木通啓、薮内弘昭、奥野恭史、金子周司　第129回日本薬学会（2009）

・遺伝子発現プロファイルに基づいたマイクロアレイデータ検索システム（GEM-TREND） 
Feng C, Araki M, Kunimoto R, Tamon A, Makiguchi H, Niijima S, Tsujimoto G, Okuno Y,.第129回日本薬学会（2009）

・Development of Data Analysis Platform for Quantitative Proteomics 
Nakagawa H, Makiguchi H, Kawahara R, Sakai J, Kimura T,.The Pacific Symposium on Biocomputing 2009（2009）

・脂質自動同定システムの構築 
横井靖人、中西広樹、池田和貴、田口良　第57回質量分析討論会（2009）

・Gene Ontology を用いたパスウェイの類似性計算方法の評価 
柳澤宏次、高井貴子、田中博　オミックス医療が拓く未来2008シンポジウム（2008）

・文科省「統合データベースプロジェクト」における生命科学データベース横断検索システムの開発 
牧口大旭、川原麗子、大野忠、奥村利幸、川本祥子、大久保公策、高木利久　第31回日本分子生物学会（2008）

・シスエレメント予測支援システムCis-Finderの開発とゲノムネットデータ解析への応用 
大野忠、奥村利幸、池尾一穂、五條堀孝　第31回日本分子生物学会（2008）

・GLIDA: ケミカルゲノミクスに基づくドラッグ探索のためのGPCR-リガンド相互作用解析データベース 
多門啓子、薮内弘昭、新島聡、箕輪洋介、外村孝一郎、国本亮、馮春来、奥野恭史　第128回日本薬学会（2008）

・タンパク質立体構造予測パイプラインFORTE-SUITE向け網羅的モデリング・構造評価システム 
本野千恵、広川貴次、佐藤美和、藤原康広、三十尾潔高、酒谷尚文、富井健太郎、秋山泰　第45回日本生物物理学会（2007）

・Clinical sequencing using a next-generation sequencing-based multiplex gene assay in patients with advanced solid tumors.
Kou T, Kanai M, Yamamoto Y, Kamada M, Nakatsui M, Sakuma T, Mochizuki H, Hiroshima A, Sugiyama A, Nakamura E, Miyake H, Minamiguchi S, Takaori K, Matsumoto S, Haga H, Seno H, Kosugi S, Okuno Y, Muto M.
Cancer Sci. 2017 Jul;108(7):1440-1446. doi: 10.1111/cas.13265. Epub 2017 May 22.

・Genome-wide DNA methylation analysis during non-alcoholic steatohepatitis-related multistage hepatocarcinogenesis: comparison with hepatitis virus-related carcinogenesis.
Kuramoto J, Arai E, Tian Y, Funahashi N, Hiramoto M, Nammo T, Nozaki Y, Takahashi Y, Ito N, Shibuya A, Ojima H, Sukeda A, Seki Y, Kasama K, Yasuda K, Kanai Y.
Carcinogenesis. 2017 Mar 1;38(3):261-270. doi: 10.1093/carcin/bgx005.

・Genes involved in development and differentiation are commonly methylated in cancers derived from multiple organs: a single-institutional methylome analysis using 1007 tissue specimens.
Ohara K, Arai E, Takahashi Y, Ito N, Shibuya A, Tsuta K, Kushima R, Tsuda H, Ojima H, Fujimoto H, Watanabe SI, Katai H, Kinoshita T, Shibata T, Kohno T, Kanai Y.
Carcinogenesis. 2017 Mar 1;38(3):241-251. doi: 10.1093/carcin/bgw209.

・The Effect of Conformational Flexibility on Binding Free Energy Estimation between Kinases and Their Inhibitors
Mitsugu Araki, Narutoshi Kamiya, Miwa Sato, Masahiko Nakatsui, Takatsugu Hirokawa, Yasushi Okuno
J. Chem. Inf. Model., 2016, 56 (12), pp 2445–2456. doi: 10.1021/acs.jcim.6b00398

・M-path: a compass for navigating potential metabolic pathways.
Araki M, Cox RS 3rd, Makiguchi H, Ogawa T, Taniguchi T, Miyaoku K, Nakatsui M, Hara KY, Kondo A.
Bioinformatics. 2015 Mar 15;31(6):905-11. doi: 10.1093/bioinformatics/btu750. Epub 2014 Nov 13.

・Alternative mammalian target of rapamycin (mTOR) signal activation in sorafenib-resistant hepatocellular carcinoma cells revealed by array-based pathway profiling.
Masuda M, Chen WY, Miyanaga A, Nakamura Y, Kawasaki K, Sakuma T, Ono M, Chen CL, Honda K, Yamada T.
Mol Cell Proteomics. 2014 Jun;13(6):1429-38. doi: 10.1074/mcp.M113.033845. Epub 2014 Mar 18.

・MicroRNA expression and functional profiles of osteosarcoma.
Kobayashi E, Satow R, Ono M, Masuda M, Honda K, Sakuma T, Kawai A, Morioka H, Toyama Y, Yamada T.
Oncology. 2014;86(2):94-103. doi: 10.1159/000357408. Epub 2014 Jan 18.

・Molecular architecture of the active mitochondrial protein gate.
Takuya Shiota, Kenichiro Imai, Jian Qiu, Victoria L. Hewitt, Khershing Tan, Hsin-Hui Shen, Noriyuki Sakiyama, Yoshinori Fukasawa, Sikander Hayat, Megumi Kamiya, Arne Elofsson, Kentaro Tomii, Paul Horton, Nils Wiedemann, Nikolaus Pfanner, Trevor Lithgow, Toshiya Endo., Science. (2015)

・PDGFR-β Plays a Key Role in the Ectopic Migration of Neuroblasts in Cerebral Stroke.
Sato H, Ishii Y, Yamamoto S, Azuma E, Takahashi Y, Hamashima T, Umezawa A, Mori H, Kuroda S, Endo S, Sasahara M., Stem Cells.　(2015)

・Alterations of the spindle checkpoint pathway in clinicopathologically aggressive CpG island methylator phenotype clear cell renal cell carcinomas.
Arai E, Gotoh M, Tian Y, Sakamoto H, Ono M, Matsuda A, Takahashi Y, Miyata S, Totsuka H, Chiku S, Komiyama M, Fujimoto H, Matsumoto K, Yamada T, Yoshida T, Kanai Y., Int J Cancer. (2015)

・Epigenetic clustering of gastric carcinomas based on DNA methylation profiles at the precancerous stage: its correlation with tumor aggressiveness and patient outcome.
Yamanoi K, Arai E, Tian Y, Takahashi Y, Miyata S, Sasaki H, Chiwaki F, Ichikawa H, Sakamoto H, Kushima R, Katai H, Yoshida T, Sakamoto M, Kanai Y., Carcinogenesis. (2015)

・Epigenetic clustering of lung adenocarcinomas based on DNA methylation profiles in adjacent lung tissue: Its correlation with smoking history and chronic obstructive pulmonary disease.
Sato T, Arai E, Kohno T, Takahashi Y, Miyata S, Tsuta K, Watanabe S, Soejima K, Betsuyaku T, Kanai Y., Int J Cancer. (2014)

・M-path: A Compass for Navigating Potential Metabolic Pathways. 
Araki M, Cox RS 3rd, Makiguchi H, Ogawa T, Taniguchi T, Miyaoku K, Nakatsui M, Hara KY, Kondo A. Bioinformatics (2014)

・Rapid identification of fatty acids and (O-acyl)-ω-hydroxy fatty acids in human meibum by liquid chromatography/high-resolution mass spectrometry. 
Mori N, Fukano Y, Arita R, Shirakawa R, Kawazu K, Nakamura M, Amano S. J Chromatogr A (2014)

・Development of a lipid profiling system using reverse-phase liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry with rapid polarity switching and an automated lipid identification software. 
Yamada T, Uchikata T, Sakamoto S, Yokoi Y, Fukusaki E, Bamba T. J Chromatogr A (2013) 

・Diagnostic and Prognostic Significance of the Alternatively Spliced ACTN4 Variant in High-grade Neuroendocrine Pulmonary Tumours. 
A Miyanaga, K Honda, K Tsuta, M Masuda, U Yamaguchi, G Fujii, A Miyamoto, S Shinagawa, N Miura, H Tsuda, T Sakuma, H Asamura, A Gemma, and T Yamada. Annals of Oncology (2013) 

・Distinct outcome of stage I lung adenocarcinoma with ACTN4 cell motility gene amplification. 
Noro R, Honda K, Tsuta K, Ishii G, Maeshima AM, Miura N, Furuta K, Shibata T, Tsuda H, Ochiai A, Sakuma T, Nishijima N, Gemma A, Asamura H, Nagai K, Yamada T. Annals of Oncology (2013) 

・Protein Experimental Information Management System (PREIMS) Based on Ontology: Development and Applications. 
Sato J, Kozaki K, Handa S, Ikeda T, Saka R, Tomizuka K, Nishiyama Y, Okumura T, Hirai S, Ohno T, Ohta M, Date S, Nakamura H. IPSJ Transactions on Bioinformatics (2013) 

・Supercritical fluid chromatography/Orbitrap mass spectrometry based lipidomics platform coupled with automated lipid identification software for accurate lipid profiling. 

Yamada T, Uchikata T, Sakamoto S, Yokoi Y, Nishiumi S, Yoshida M, Fukusaki E, Bamba T. J Chromatogr A. (2013) 

・Use of Quantitative Shotgun Proteomics to Identify Fibronectin 1 as a Potential Plasma Biomarker for Clear Cell Carcinoma of the Kidney. 
Akira Yokomizo, Michiko Takakura, Yae Kanai, Tomohiro Sakuma, Junichi Matsubara, Kazufumi Honda, Seiji Naito, Tesshi Yamada, and Masaya Ono. Cancer Biomarkers (2013) 

・Altered Plasma Apolipoprotein Modifications in Patients with Pancreatic Cancer: Protein Characterization and Multi-institutional Validation. 
Kazufumi Honda, Takuji Okusaka, Klaus Felix, Shoji Nakamori, Naohiro Sata, Hideo Nagai, Tatsuya Ioka, Akihiko Tsuchida, Takeshi Shimahara, Masashi Shimahara, Yohichi Yasunami, Hideya Kuwabara, Tomohiro Sakuma, Yoshihiko Otsuka, Norihito Ota, Miki Shitashige, Tomoo Kosuge, Markus W B?chler, and Tesshi Yamada. PloS One (2012) 

・Biomarker Discovery of Pancreatic and Gastrointestinal Cancer by 2DICAL: 2-Dimensional Image-Converted Analysis of Liquid Chromatography and Mass Spectrometry. 
Masaya Ono, Masahiro Kamita, Yusuke Murakoshi, Junichi Matsubara, Kazufumi Honda, Banno Miho, Tomohiro Sakuma, and Tesshi Yamada. International Journal of Proteomics (2012) 

・Carbonic Anhydrase I as a New Plasma Biomarker for Prostate Cancer. 
Michiko Takakura, Akira Yokomizo, Yoshinori Tanaka, Michimoto Kobayashi, Giman Jung, Miho Banno, Tomohiro Sakuma, Kenjiro Imada, Yoshinao Oda, Masahiro Kamita, Kazufumi Honda, Tesshi Yamada, Seiji Naito, and Masaya Ono. ISRN Oncology (2012) 
 

・Combined Functional Genome Survey of Therapeutic Targets for Clear Cell Carcinoma of the Kidney. 
Hideaki Ito, Kazufumi Honda, Reiko Satow, Eri Arai, Miki Shitashige, Masaya Ono, Tomohiro Sakuma, Shigeru Sakano, Katsusuke Naito, Hideyasu Matsuyama, and Tesshi Yamada. Japanese Journal of Clinical Oncology (2011) 

・Identification of Adipophilin as a Potential Plasma Biomarker for Colorectal Cancer Using Label-free Quantitative Mass Spectrometry and Protein Microarray. 
Junichi Matsubara, Kazufumi Honda, Masaya Ono, Shigeki Sekine, Yoshinori Tanaka, Michimoto Kobayashi, Giman Jung, Tomohiro Sakuma, Shoji Nakamori, Naohiro Sata, Hideo Nagai, Tatsuya Ioka, Takuji Okusaka, Tomoo Kosuge, Akihiko Tsuchida, Masashi Shimahara, Yohichi Yasunami, Tsutomu Chiba, and Tesshi Yamada. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention (2011) 

・Plasma Biomarker Discovery and Validation for Colorectal Cancer by Quantitative Shotgun Mass Spectrometry and Protein Microarray. 
Yusuke Murakoshi, Kazufumi Honda, Shizuka Sasazuki, Masaya Ono, Ayako Negishi, Junichi Matsubara, Tomohiro Sakuma, Hideya Kuwabara, Shoji Nakamori, Naohiro Sata, Hideo Nagai, Tatsuya Ioka, Takuji Okusaka, Tomoo Kosuge, Masashi Shimahara, Yohichi Yasunami, Yoshinori Ino, Akihiko Tsuchida, Tatsuya Aoki, Shoichiro Tsugane, and Tesshi Yamada. Cancer Science (2011) 

・Reduced Plasma Level of CXC Chemokine Ligand 7 in Patients with Pancreatic Cancer. 
Junichi Matsubara, Kazufumi Honda, Masaya Ono, Yoshinori Tanaka, Michimoto Kobayashi, Giman Jung, Koji Yanagisawa, Tomohiro Sakuma, Shoji Nakamori, Naohiro Sata, Hideo Nagai, Tatsuya Ioka, Takuji Okusaka, Tomoo Kosuge, Akihiko Tsuchida, Masashi Shimahara, Yohichi Yasunami, Tsutomu Chiba, Setsuo Hirohashi, and Tesshi Yamada. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention (2011) 

・SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins. 
Motono C, Nakata J, Koike R, Shimizu K, Shirota M, Amemiya T, Tomii K, Nagano N, Sakaya N, Misoo K, Sato M, Kidera A, Hiroaki H, Shirai T, Kinoshita K, Noguchi T, Ota M. Nucleic Acids Res. (2011) 

・Genome-wide germline analyses on cancer susceptibility and GeMDBJ database: Gastric cancer as an example. 
Yoshida T, Ono H, Kuchiba A, Saeki N, Sakamoto H. Cancer Sci (2010) 

・Payao: a community platform for SBML pathway model curation. 
Matsuoka Y, Ghosh S, Kikuchi N, Kitano H. Bioinformatics (2010) 

・Reduced Argininosuccinate Synthetase Is a Predictive Biomarker for the Development of Pulmonary Metastasis in Patients with Osteosarcoma. 
Kobayashi E, Masuda M, Nakayama R, Ichikawa H, Satow R, Shitashige M, Honda K, Yamaguchi U, Shoji A, Tochigi N, Morioka H, Toyama Y, Hirohashi S, Kawai A, Yamada T. Mol Cancer Ther (2010) 

・Survival Prediction for Pancreatic Cancer Patients Receiving Gemcitabine Treatment. 
Junichi Matsubara, Masaya Ono, Kazufumi Honda, Ayako Negishi, Hideki Ueno, Takuji Okusaka, Junji Furuse, Koh Furuta, Emiko Sugiyama, Yoshiro Saito, Nahoko Kaniwa, Junichi Sawada, Ayako Shoji, Tomohiro Sakuma, Tsutomu Chiba, Nagahiro Saijo, Setsuo Hirohashi, and Tesshi Yamada. Molecular & Cellular Proteomics (2010) 

・GEM-TREND: a web tool for gene expression data mining toward relevant network discovery. 
Feng C, Araki M, Kunimoto R, Tamon A, Makiguchi H, Niijima S, Tsujimoto G, Okuno Y. BMC Genomics (2009) 

・Identification of a predictive biomarker for hematologic toxicities of gemcitabine. 
Matsubara J, Ono M, Negishi A, Ueno H, Okusaka T, Furuse J, Furuta K, Sugiyama E, Saito Y, Kaniwa N, Sawada J, Honda K, Sakuma T, Chiba T, Saijo N, Hirohashi S, Yamada T. J Clin Oncol (2009) 

・Large-scale quantitative clinical proteomics by label-free liquid chromatography and mass spectrometry. 
Negishi A, Ono M, Handa Y, Kato H, Yamashita K, Honda K, Shitashige M, Satow R, Sakuma T, Kuwabara H, Omura K, Hirohashi S, Yamada T. Cancer Sci (2009)

・Development of a Data-mining System for Differential Profiling of Cell Glycoproteins Based on Lectin Microarray. 
Kuno A, Itakura Y, Toyoda M, Takahashi Y, Yamada M, Umezawa A, Hirabayashi J. Journal of Proteomics & Bioinformatics (2008)

・Use of a library of mutated Maackia amurensis hemagglutinin for profiling the cell lineage and differentiation. 
Maenuma K, Yim M, Komatsu K, Hoshino M, Takahashi Y, Bovin N, Irimura T. Proteomics (2008)  

・Genetic variation in PSCA is associated with susceptibility to diffuse-type gastric cancer. 
Study Group of Millennium Genome Project for Cancer Nat Genet (2008) 

・CellDesigner 3.5: A Versatile Modeling Tool for Biochemical Networks. 
Funahashi A, Matsuoka Y, Jouraku A, Morohashi M, Kikuchi N, Kitano H. Proceedings of the IEEE (2008) 

・The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. 
"Genome Information Integration Project And H-Invitational 2,Yamasaki C, et al." Nucleic Acids Res, Database issue (2008)  

・Distinct gene expression-defined classes of gastrointestinal stromal tumor. 
Yamaguchi U, Nakayama R, Honda K, Ichikawa H, Hasegawa T, Shitashige M, Ono M, Shoji A, Sakuma T, Kuwabara H, Shimada Y, Sasako M, Shimoda T, Kawai A, Hirohashi S, Yamada T. J Clin Oncol (2008) 

・“CellDesigner: A Modeling Tool for Biochemical Networks.”, IEEE Special Issue on Computational 
Funahashi A, Jouraku A, Matsuoka Y, Morohashi M, Kikuchi N, Tanimura N, and Kitano H. Systems Biology (2007) 

・Melina II: a web tool for comparisons among several predictive algorithms to find potential motifs from promoter regions 
Okumura T, Makiguchi H, Makita Y, Yamashita R, Nakai K. Nucleic Acids Res. (2007) 

・Hyaline cartilage formation and enchondral ossification modeled with KUM5 and OP9 chondroblasts. 
Sugiki T, Uyama T, Toyoda M, Morioka H, Kume S, Miyado K, Matsumoto K, Saito H, Tsumaki N, Takahashi Y, Toyama Y, Umezawa A. J Cell Biochem (2007) 

・Strategy for simulation of CID spectra of N-linked oligosaccharides toward glycomics. 
Kameyama A, Nakaya S, Ito H, Kikuchi N, Angata T, Nakamura M, Ishida HK, Narimatsu H. J Proteome Res (2006) 

・Molecular cloning and characterization of a novel human beta1,3-glucosyltransferase, which is localized at the endoplasmic reticulum and glucosylates O-linked fucosylglycan on thrombospondin type 1 repeat domain. 
Sato T, Sato M, Kiyohara K, Sogabe M, Shikanai T, Kikuchi N, Togayachi A, Ishida H, Ito H, Kameyama A, Gotoh M, Narimatsu H. Glycobiology (2006) 

・Label-free quantitative proteomics using large peptide data sets generated by nanoflow liquid chromatography and mass spectrometry. 
"Ono M, Shitashige M, Honda K, Isobe T, Kuwabara H, Matsuzuki H, Hirohashi S, Yamada T." Mol Cell Proteomics (2006) 

・A strategy for identification of oligosaccharide structures using observational multistage mass spectral library. 
Kameyama A, Kikuchi N, Nakaya S, Ito H, Sato T, Shikanai T, Takahashi Y, Takahashi K, Narimatsu H. Anal Chem (2005)

・The carbohydrate sequence markup language (CabosML): an XML description of carbohydrate structures. 
Kikuchi N, Kameyama A, Nakaya S, Ito H, Sato T, Shikanai T, Takahashi Y, Narimatsu H. Bioinformatics (2005) 

・Estimating immunoregulatory gene networks in human herpesvirus type 6-infected T cells. 
Takaku T, Ohyashiki JH, Zhang Y, Ohyashiki K. Biochem Biophys Res Commun (2005) 

・Global analysis of the regulatory network structure of gene expression in Saccharomyces cerevisiae. 
Gunji W, Kai T, Takahashi Y, Maki Y, Kurihara W, Utsugi T, Fujimori F, Murakami Y. DNA Res (2004)

・An integrated comprehensive workbench for inferring genetic networks: voyagene. 
Maki Y, Takahashi Y, Arikawa Y, Watanabe S, Aoshima K, Eguchi Y, Ueda T, Aburatani S, Kuhara S, Okamoto M. J Bioinform Comput Biol (2004)

・Molecular cloning and characterization ofbeta1,4-N-acetylgalactosaminyltransferases IV synthesizing N,N'-diacetyllactosediamine. 
Gotoh M, Sato T, Kiyohara K, Kameyama A, Kikuchi N, Kwon YD, Ishizuka Y, Iwai T, Nakanishi H, Narimatsu H. FEBS Lett (2004) 

・A novel human b1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase which synthesizes a unique carbohydrate structure, GalNAcb1-3GlcNAc. 
Hiruma T, Togayachi A, Okamura K, Sato T, Kikuchi N, Kwon YD, Nakamura A, Fujimura K, Gotoh M, Tachibana K, Ishizuka Y, Noce T, Nakamura H, Narimatsu H. J Biol Chem (2004) 

・Molecular cloning and characterization of a human multisubstrate specific nucleotide-sugar transporter homologous to Drosophila fringe connection.
Suda T, Kamiyama S, Suzuki M, Kikuchi N, Nakayama K, Narimatsu H, Jigami Y, Aoki T, Nishihara S. J Biol Chem (2004)

・Discovery of Novel Transcription Control Relationships with Gene Regulatory Networks Generated from Multiple-disruption Full Genome Expression Libraries. 
Aburatani S, Tashiro K, Savoie CJ, Nishizawa M, Hayashi K, Ito Y, Muta S, Yamamoto K, Ogawa M, Enomoto A, Masaki M, Watanabe S, Maki Y, Takahashi Y, Eguchi Y, Sakaki Y, Kuhara S. DNA Res (2003) 

・Initiation of O-glycan synthesis in IgA1 hinge region is determined by a single enzyme, UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2. 
Iwasaki H, Zhang Y, Tachibana K, Gotoh M, Kikuchi N, Kwon YD, Togayachi A, Kudo T, Kubota T, Narimatsu H. J Biol Chem (2003)

・Cloning and characterization of a novel UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase, pp-GalNAc-T14. 
Wang H, Tachibana K, Zhang Y, Iwasaki H, Kameyama A, Cheng L, Guo J, Hiruma T, Togayachi A, Kudo T, Kikuchi N, Narimatsu H. Biochem Biophys Res Commun (2003)

・Molecular cloning and identification of 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate transporter. 
Kamiyama S, Suda T, Ueda R, Suzuki M, Okubo R, Kikuchi N, Chiba Y, Goto S, Toyoda H, Saigo K, Watanabe M, Narimatsu H, Jigami Y, Nishihara S. J Biol Chem (2003) 

・Characterization of a heparan sulfate 3-O-sulfotransferase-5, an enzyme synthesizing a tetrasulfated disaccharide. 
Mochizuki H, Yoshida K, Gotoh M, Sugioka S, Kikuchi N, Kwon YD, Tawada A, Maeyama K, Inaba N, Hiruma T, Kimata K, Narimatsu H. J Biol Chem (2003) 

・Chondroitin sulfate synthase-2. Molecular cloning and characterization of a novel human glycosyltransferase homologous to chondroitin sulfate glucuronyltransferase, which has dual enzymatic activities. 
Yada T, Gotoh M, Sato T, Shionyu M, Go M, Kaseyama H, Iwasaki H, Kikuchi N, KwonYD, Togayachi A, Kudo T, Watanabe H, Narimatsu H, Kimata K. J Biol Chem (2003) 

・Chondroitin sulfate synthase-3. Molecular cloning and characterization. 
Yada T, Sato T, Kaseyama H, Gotoh M, Iwasaki H, Kikuchi N, Kwon YD, Togayachi A, Kudo T, Watanabe H, Narimatsu H, Kimata K. J Biol Chem (2003) 

・Comparison of glycosyltransferase families using the profile hidden Markov model. 
Kikuchi N, Kwon YD, Gotoh M, Narimatsu H. Biochem Biophys Res Commun (2003) 

・Molecular cloning and characterization of a novel human beta 1,4-N-acetylgalactosaminyltransferase, beta 4GalNAc-T3, responsible for the synthesis of N,N'-diacetyllactosediamine, galNAc beta 1-4GlcNAc. 
Sato T, Gotoh M, Kiyohara K, Kameyama A, Kubota T, Kikuchi N, Ishizuka Y, Iwasaki H, Togayachi A, Kudo T, Ohkura T, Nakanishi H, Narimatsu H. J Biol Chem (2003) 

・Enzymatic synthesis of chondroitin with a novel chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase that transfers N-acetylgalactosamine to glucuronic acid in initiation and elongation of chondroitin sulfate synthesis. 
Gotoh M, Sato T, Akashima T, Iwasaki H, Kameyama A, Mochizuki H, Yada T, Inaba N, Zhang Y, Kikuchi N, Kwon YD, Togayachi A, Kudo T, Nishihara S, Watanabe H, Kimata K, Narimatsu H. J Biol Chem (2002) 

・Development of a System for the Inference of Large Scale Genetic Networks. 
Maki Y, Tominaga D, Okamoto M, Watanabe S, Eguchi Y. Pac Symp Biocomput (2001) 

・Cross Talk of Prolyl Isomerases, Pin1/Ess1 and Cyclophilin A. 
Fujimori F, Gunji W, Kikuchi J, Mogi T, Ohashi Y, Makino T, Oyama A, Okuhara K, Uchida T, Murakami Y. BBRC (2001)