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バイオインフォマティクス

Big Data to Knowledge with MKI

 1975年、当社の前身である三井情報開発(株)は「人工酵素による化学合成システムの研究開発」に取り組みました。以来、30余年にわたり、当社は先進的な情報技術をバイオサイエンスに応用することに力を注いでいます。

近年では、次世代シーケンサーの登場によりゲノム塩基配列の解読技術に革命的な進歩がもたらされ、大量なゲノム配列が入手可能になりました。加えて、遺伝子発現やタンパク質の構造解析法、多様な生体分子の高速な分離技術が開発され、ハイスループットな測定データも著しく増加しています。そのため、従来の解析手法や高機能計算機でも処理が困難なこれらビッグデータの解析技術が今求められています。

 私たちは、これまで培ってきた豊富な経験と実績を元に、お客様のビッグデータから新しい『知識』を創造します。

Categories

 

Genomics
全ゲノム関連解析、全ゲノム解析、 SNP解析、エキソーム解析、CGH解析、エピゲノム解析
■次世代シーケンス解析サービス

Transcriptomics
遺伝子発現解析、RNA-Seq解析、転写因子結合部位解析 

Proteomics 
タンパク質発現解析、リン酸化解析、翻訳後修飾解析
■多検体サンプル解析&マーカー探索『2DICAL』
■プロテオーム解析プラットフォーム『Xome』

Metabolomics 
生体内脂質プロファイル解析、代謝パスウェイ解析
■ハイスループット脂質同定システム『LipidSearch』
■代謝経路解析システム『CrossPath』
■糖鎖微量迅速解析システム用検索ソフト

Systems Biology 
ネットワーク解析、パスウェイ解析
代謝フラックス解析、生体シミュレーション
バイオプロセスデザイン

Structural Informatics 
アミノ酸配列/タンパク質構造解析、分子動力学シミュレーション
タンパク質立体構造予測、ドッキングシュミレーション

Chemoinformatics 
リード化合物探索、バーチャル化合物スクリーニング

Data Management 
大規模データベース構築、セマンティックWeb
全文検索、データマイニング、グラフマイニング
HPCI、クラウドコンピューティング、インメモリコンピューティング

※■は当社プロダクト・サービスです。

Applications

Biomarker Discovery
バイオマーカーは、疾患の発症や進行を診断するために用いられる指標です。また、それ自身が創薬ターゲットとしても医薬品開発に応用される可能性を持っています。MKIでは、ゲノミクス、プロテオミクスを含むマルチオミクスなアプローチから候補分子を探索します。

Drug / Target Discovery
バイオ医薬品は従来の低分子医薬品に比べ、標的特異性が高く副作用も少ないとされ注目されています。しかし、バイオ医薬品は生体物質から誘導されるため、その構造は複雑で、特定の標的に対する医薬品の開発は非常に困難です。 MKIでは、タンパク質立体構造予測や分子モデリングに関する専門家が、最新の技術を用いてお客様の課題を解決します。

Personalized Medicine
ゲノム解析を中心とした個別化医療の開発により、個々の患者ごとに最適な医療を実践することが可能となり、病気からの早期回復や医療費の節減が期待されています。MKIでは、長年培ってきたバイオインフォマティクス分野の経験とITを組み合わせ、医療従事者や研究者と共に個別化医療の実現を支援します。

最新情報

2017/06/19 MKI、理研ジェネシスと協業し、国内検査施設を活用した遺伝子解析サービス「OncoPrime Basic」を7月から提供開始
2017/06/05 MKI、シスメックスおよび理研ジェネシスとゲノム医療における包括的な業務提携を開始
2017/03/02 MKI、がん遺伝子解析サービス「OncoPrime」を関東初となる千葉大学病院に提供
2016/09/27 SAP社とペンシルバニア大学 ウオートン校共同で作成したホワイトペーパーに、MKIのゲノム解析事例が引用されました
2016/08/18 日経バイオテク 8月8日号特集「癌クリニカルシーケンス」に「OncoPrime」の情報が掲載されました
2015/10/01 【10/29-31京都開催】 生命医薬情報学連合大会 2015年大会(日本バイオインフォマティクス学会 2015年年会)ランチョンセミナー講演/ブース出展のご案内
2015/06/19 【7/29(水)大阪、7/31(金)東京開催】 サーモフィッシャー質量分析計ユーザーズフォーラム出展のご案内
2015/06/19 【7/3(金) 開催】 かずさDNA研究所「2015食品開発セミナー」講演のご案内
2015/06/10 【6/17(水)~19(金) 開催】 第63回質量分析統合討論会にて弊社ソフトウェア『Lipid Serch』に関するポスター発表及び、ブース展示を行います。 
2015/05/15 【6/11(木) 開催】 第364回CBI学会講演会「タンパク質立体構造予測とタンパク質デザイン」講演のご案内
2015/05/15 【5/30(土) 開催】 バイオグリッド研究会2015~スパコンが切り拓く創薬・医療の新時代~講演のご案内
2015/05/11 【5/13(水) 開催】 サーモフィッシャー機器分析ユーザーズフォーラムにて弊社ソフトウェア『Lipid Serch』に関するポスター発表を行います。
2015/04/01 4月1日付けの組織変更に伴い、当部署名が変更になりました。
これまでのバイオ基礎研究分野から創薬研究分野向けのコンサル及びシステム構築に加えて、最新の技術を駆使したビッグデータ解析や個別化医療向けのICTサービス等にも取り組んで参ります。引き続き宜しくお願い申し上げます。

【変更前】
事業開発部 バイオサイエンス室

【変更後】
IT基盤サービス事業本部 クラウドサービス部 バイオメディカル室
電話番号:03-6376-1291(※電話番号及びFAX番号に変更はありません。)
2015/03/09 MKI、がん遺伝子を解析し、個々の患者に最適な治療薬候補等の情報を医師に提供する「OncoPrime」を提供開始
2014/12/03 学会発表・投稿論文リストを更新致しました。
2014/11/25 弊社社員共著による論文がBioinformaticsに掲載されました。
2014/11/04 【11/12(水) 開催】サーモフィッシャー秋の食品セミナー出展のご案内別
2014/09/19 【10/2(木)~4(土) 開催】第3回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2014)出展のご案内
2014/09/02 【9/3(水) 開催】 JASISカンファレンス テクニカルセミナー講演のご案内
2014/07/16 【7/23(水)、31(木) 開催】 サーモフィッシャー機器分析ユーザーズフォーラム出展のご案内
2014/06/19 弊社プロダクト『Lipid Seach』を利用した論文が掲載されました。
脂質同定ソフトウェア『Lipid Search』(1.1MB)
※関連論文はこちらからご覧いただけます。
2014/05/07 バイオサイエンス室は愛宕オフィスに移転しました。 ※移転に伴い電話番号が変更しております。
地図はこちらからご覧いただけます。
2014/03/28 MKI、京都大学にがん治療研究に関する寄附講座を開設
2014/01/24 【2/13(木) 開催】 サーモフィッシャー『 リピドミクスセミナー 』講演のご案内
2013/11/07 【11/25(月) 開催】 第5回バイオサイエンスセミナー~ITが拓く未来-個別化医療へのアプローチ~ 開催のご案内
2013/10/15 【10/31(木) 開催】JSBi年会 ランチョンセミナー『次世代医療を支える大規模シーケンシングとインフォマティクス』のご案内
2013/09/03 【9/4(水) 開催】 JASISコンファレンス『健康計量ビジネスへの道』講演のご案内
2013/06/18 【7/2(火)大阪、7/3(水)東京開催】 サーモフィッシャー質量分析計ユーザーズフォーラム出展のご案内
2012/12/05 【1/17(木) 開催】 第4回三井情報バイオサイエンスセミナーのご案内~ITが拓く未来-視えてきたメタボロミクス~
2012/10/18 三井情報、大阪大学、サーモの共同研究がポスター賞を受賞しました。
SFC2012
大阪大学馬場先生HP
2012/09/26 【プレスリリース】スパコン「京」による創薬プロジェクトに参画します。
2011/10/17 【11/28(月) 開催】 第3回三井情報バイオサイエンスセミナーのご案内~ITが拓く未来-先端バイオメディカル研究境界領域の役割とこれからの期待~
2011/06/30 【プレスリリース】メタボロミクス研究のための代謝経路解析システム「CrossPath」を販売開始しました。
2011/06/27 【7/5(金)、8(月) 開催】 サーモフィッシャー質量分析計ユーザーズフォーラム出展のご案内
2011/06/03 バイオサイエンス室は東中野オフィスに移転しました。
地図はこちらからご覧いただけます。
2011/05/27 「代謝経路解析システム」について掲載しました。
2011/04/15 ◆発表資料を公開しました◆
【2/18(金) 開催】 第2回三井情報バイオサイエンスセミナー
~ITが拓く未来-オミクス解析におけるインフォマティックスの活用~
2011/03/08 次世代シーケンス解析サービスのパンフレットを掲載しました。
2010/01/13 【2/18(木) 開催】 第2回三井情報バイオサイエンスセミナーのご案内
~ITが拓く未来-オミクス解析におけるインフォマティックスの活用~
2010/11/09 【12/1(水) 開催】 プロテイン・モール関西第7回情報交流セミナーのご案内
2010/07/16 【7/27(火) 開催】 日本ヒトプロテオーム機構 第8回大会 共催セミナーのご案内
「2DICAL が拓くプロテオームの新世界」
2010/05/14 2DICAL、Lipid Search、糖鎖微量迅速解析システム用検索ソフトのパンフレットを掲載しました。
2009/10/20 【11/26(木) 開催】 第1回三井情報バイオサイエンスセミナーのご案内
~ITが拓く未来-創薬を加速するインフォマティクス~
2009/06/29 【7/27(月)、28(火) 開催】 日本ヒトプロテオーム機構 第7回大会 出展のご案内
MKI三井情報は、創薬・診断研究を支援するプロテームプラットフォーム「Xome」「2DICAL」によるプロテオミクス解析ソリューションをご紹介いたします

取扱プロダクト

MKI三井情報では、バイオインフォマティクス関連のプロダクトをご紹介しております。掲載プロダクトにかかわらず、お客様に最適なプロダクトをご提案いたしますので、お困りの点、課題等がございましたら、フォームよりお気軽にお問い合わせください。

 

 

多検体サンプル解析&マーカー探索ソフト 2DICAL

ノンラベル液体クロマトグラフィー質量分析測定(LC/MS)に対応した多検体サンプル解析&マーカー探索ツールです。 LC/MS計測で得られるデータを 質量電荷比(m/z)、ピーク強度(I)、保持時間(RT)、サンプル(S) の4つの要素から成るものとしてとらえ、さまざまな2次元画像に展開して解析するシステムです。
2DICAL パンフレット(800.0KB)

2DICAL (2 Dimensional Image Converted Analysis of Liquid chromatography mass spectrometry) is a Label-Free Multi-Sample Comparative Analysis System Corresponding to Liquid Chromatography - Mass Spectrometry. 
2DICAL is a software package to assist in biomarker detection from LC-MS data. The software compares ion-peak intensity derived from biomolecules identified with mass-to-charge ratio (m/z) and column retention times (RT) in a large number of measuring data.
The 2DICAL brochure(1.5MB)

ハイスループット脂質同定システム Lipid Search

近年の質量分析技術の発展により生体分子の一斉同時解析が可能となり、 これに伴い生体分子の網羅的解析(オミックス)が脚光を浴びています。オミックスでは、その膨大な実験情報を効率的に処理するため、バイオインフォマティックスと呼ばれるコンピュータを用いた生体情報処理が必須の技術となっています。Lipid Searchは生体内脂質を対象としたハイスループットな網羅的解析(リピドミクス)を支援するソフトウェアとして東京大学大学院メタボローム寄付講座田口良教授と三井情報株式会社で共同開発したソフトウェアです。生体試料の質量分析データから含有する脂質の同定から定量計算までを全自動で解析致します。
Lipid Search パンフレット(1.1MB)

メタボロミクス研究のための代謝経路解析システム CrossPath

薬効、安全性、バイオマーカー研究等で得られたメタボロミクスデータから動きのある代謝経路(パスウェイ)を自動選出し、変動した代謝物をパスウェイ上に視覚的にマッピングするソフトウェアです。
本製品により、膨大なメタボロミクスデータの生理学的な解釈が容易になり、病気の進行度や治療効果をモニタリングできるバイオマーカー開発や新薬開発研究の効率化が期待されます。
CrossPath パンフレット (1.1MB)

糖鎖微量迅速解析システム用検索ソフト

質量分析スペクトルと糖鎖質量分析スペクトルデータベースの照合を行い未知試料の糖鎖構造解析を行うソフトウェアです。
糖鎖微量迅速解析システム用検索ソフト パンフレット(605.2KB)

※記載されている社名・商品名は、各社の商標または登録商標です。

Type CLOUD for AWS Bioinformatics

バイオインフォマティクス解析に特化した、専用解析サーバーを提供するクラウドサービスです。
AWSにかかる費用を固定にし、監視・運用・保守まですべてMKIにお任せいただくことが可能です。事前にお客様のご要望をお聞きした上で、MKIが提案するサービスメニュー(サーバ・監視運用その他サポート・オプション)を選択いただきます。
提供するインスタンスタイプやプリインストール済ソフトウェアは順次拡大予定です。

1)サービス仕様(リソース提供:サーバ)

提供サーバ
(Amazon EC2)
現在ご提供している代表的なインスタンスは以下です。
下記以外のインスタンスタイプもご用意しております。
・m4.large (2vCPU / 8GiB Memory / 100GB ストレージ)
・c4.2xlarge (8vCPU / 15GiB Memory / 100GB ストレージ)
・r3.4xlarge (16vCPU / 122GiB Memory / 100GB ストレージ)
OS Ubuntu Server 16.04 LTS
ソフトウェア
プリインストール済
以下のバイオインフォ解析パッケージをインストール済みでご提供
bedtools / blast2 / bowtie2 / bwa / clustalo / dssp / emboss / fastx-toolkit / 
gromacs / hmmer / mafft / ncbi-blast+ / picard-tools / pymol / qiime / rasmol /
samtools / t-coffee / TensorFlow 
パッケージ一覧はこちらをご参照ください。
Firewall セキュリティグループ設定を初期費用の範囲で対応
データ転送量 ・お客様拠点 → AWS は無料
・AWS → お客様拠点 は100GB/月まで無料(超過時は別途費用が発生致します)

 

2)サービス仕様(コンサルティング/解析作業役務提供/その他サポート) 

バイオインフォマティクス
解析パッケージの
技術サポートオプション
プリインストール済のバイオインフォ解析パッケージに関する技術的問題の解決支援、障害の受付、操作方法に関する質問に対して、サポートエンジニアが直接オンラインにて支援いたします。
価格:月額80,000円~(税抜)
カスタムメイド
インスタンスオプション/
HPCクラスタオプション
お客様の行いたい解析に最適な規模となる計算リソースサイズのコンサルティングを行い、GPGPUインスタンス等カスタムメイドのインスタンスやHPCクラスターをご提供します。
バイオインフォマティクス
解析コンサルティング
オプション
オンサイトまたはオフサイトで専任の担当者が、解析手法のコンサルティングから解析ツールの開発、実際の解析作業までの全工程をワンストップで担当いたします。

 

3) コンサルティング・解析オプション(詳細) 

抗体創薬支援 ヒト化抗体作成支援、パラトープ及びその周辺の残基同定など抗体創薬に関するコンサルティング、解析をご提供致します
詳細はこちら
各種データ解析 メチル化解析、発現量解析、マイクロアレイ解析、NGSデータ解析など各種バイオインフォマティクスデータ解析を担当し、ご希望の形式で解析結果レポートを作成致します
詳細はこちら
バイオ統合DB
アクセスサービス
近日公開予定
HPC-MD
環境構築支援
MD計算用の並列計算環境をReady to Useの状態でご提供致致します。
詳細はこちら

 

4)その他オプション 

通常オプション
・Amazon S3ストレージ100GB追加(オンラインストレージサービス)
・Amazon EBSストレージ100GB追加(仮想サーバHDD)
・データ転送量100GB追加/月(AWSからのデータ送信量)
・Amazon Route53(DNSサービス)
・Amazon ELB(ロードバランサー)
・Amazon VPC接続(仮想プライベートネットワーク環境)

取扱サービス

MKI三井情報では、バイオインフォマティクス関連のサービスをご提供しております。掲載サービスにかかわらず、お客様に最適なサービスをご提案いたしますので、お困りの点、課題等がございましたら、お気軽に右上のお問い合わせフォームにて、お問い合わせください。

 

次世代シーケンスデータ解析サービス

次世代シーケンサーは様々な研究において活用可能です。
例えば、
・疾患原因遺伝子変異候補の探索や有用菌株の変異情報収集
・微生物の機能遺伝子候補の探索
・細菌群集の網羅的な組成解析
・環境変化に伴う遺伝子発現パターンの解析
・疾患関連遺伝子の発現制御の解析
などの研究で利用されています。
「自分の研究の場合どのようなデータ解析を行うことになるのか」など、お客様のケースに合った解析ができるようご相談に応じさせて頂きます。
次世代シーケンスデータ解析サービス パンフレット (832.9KB)

体細胞変異検出データ解析サービス

SureSelect NCC oncopanelをご利用の皆様に、データ解析サービスをお手頃な価格でご提供致します。
検出された変異情報に対して、さらに有用なデータベースからアノテーション情報を付加し、お客様に解析結果をお返しいたします。

■特徴
・Agilent technologies 社のSureSelect NCC oncopanel に最適化
・新鮮凍結組織・ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織共に高い精度で変異を検出可能

■ご提供頂くデータについて
・腫瘍組織、正常組織から取得されたデータセット(FASTQ もしくは BAM 形式ファイル)

■価格
・価格:お問い合わせください
・納期:データ受領から最短3営業日

■納品物
・SNV/InDel 解析結果
・融合遺伝子/コピー数変化解析結果

上記の条件以外のデータを用いて解析を依頼される場合は、別途お見積りの上でご対応申し上げます。
詳細は下記パンフレットをご確認下さい。
体細胞変異検出データ解析サービス パンフレット(1.1MB)

マルチオミクス解析サービス

多種多様なオミクス解析を検討中のお客様、
大規模データから興味のある情報を取り出すまでには様々な悩みや問題が生じるかと思われます。
そのような場合はぜひ、弊社のマルチオミクスデータ解析サービスをご活用ください。 

■サービスメニュー
・マルチオミクスデータ解析サービス
・マルチオミクス解析環境構築支援サービス

詳細は下記パンフレットをご確認下さい。
マルチオミクス解析サービス パンフレット(866.9KB)

抗体創薬支援サービス

高精度な抗体構造モデリング技術、およびバイオインフォマティクスに基づく抗体医薬のRational Design、マウス抗体のヒト化設計を支援します。
弊社クラウド技術により秘匿性の高いお客様専用の解析環境を構築し、安全・ハイスピードなサービスを低コストで実現します。

■サービスメニュー
・ヒト化抗体設計
・抗体構造モデリングおよびバイオインフォマティクスによる抗体医薬のRational Design

ご要望に応じて、バイオインフォマティクス解析による親和性・物性向上設計についてもご相談承ります(別途お見積り)。
詳細は下記パンフレットをご確認下さい。
抗体創薬支援サービス パンフレット(561.0KB)

バイオサイエンス事業の経緯

1975年にバイオサイエンスの研究開発に参画して以来30年以上に渡り、三井情報は先進的なIT技術をバイオサイエンスの研究に応用していく取組みを進めて参りました。 ポストゲノム時代を迎え、当社のバイオインフォマティクスに関する知識と経験は今後のバイオサイエンスの発展に大いに役立つものと確信しております。 

三井情報は最先端の技術をお客様に提供し健康で持続可能な社会の発展に貢献します。

 

MKIの主な研究・受託開発案件 バイオサイエンス文化の出来事
    1944  DNAによる肺炎双球菌形質転換(エイヴリー)
    1945 ファージのDNA組換え(デルブリュック)
    1951 インシュリンのアミノ酸配列の決定(サンガー)
    1953 DNAの二重らせん構造解明(ワトソン、クリック)
    1956 センダイウイルスによる動物細胞融合(岡田善雄
    1967 DNA合成酵素を発見(コーンバーグ)
    1968 DNAリガーゼの発見
    1970 制限酵素の発見
    1973 大腸菌へのDNA導入(マンデル、比嘉昭子)
    1974 遺伝子組換え技術の確立(コーヘン、ボイヤー)
1975 人工酵素による化学合成システム開発の10年計画調査
酵素反応シミュレータの開発
1975 ポリエチレングリコールによる細胞融合
モノクローナル抗体(ケーラー、ミルスタイン)
    1977 DNA配列決定技術の確立(サンガー、マキサム、ギルバード)
1980 DNA構造解析システムの開発
DNAデータベースシステムの開発
  ヒトソマトスタチン遺伝子を大腸菌で発現
    1982 組換えインスリン認可
1985 タンパク質立体構造エネルギー関数法の開発
遺伝子の機能解析技術の開発
ショットガン法によるDNAフラグメントの結合編集システム
1985 ポリメラーゼ連鎖(PCR)反応発明(キャリー・マリス)
1990 タンパク質の機能部位予測システムの開発
GCG輸入開始
1990 ヒトゲノム計画がスタート
    1994 高解像度のヒトゲノム物理的地図完成
1995 ゲノム物理地図作成ソフトウェアの開発
微生物の分類・同定手法の開発
ND法に基づくゲノム塩基配列結合編集システムの開発
ヒトゲノム解析結果表示システムの開発
ゲノムDNAの二次元電気泳動画像解析システム (DDGEL)の開発
イスラエルCompugen社と提携
ゲノム解析支援システムDr.AGCTの開発
タンパク質立体構造アライメント表示システム (3DALIGN)の開発
遺伝子ネットワークの同定手法の開発
全ゲノム塩基配列決定支援システムの開発
発現プロファイル解析システムの開発
ドイツBIOBASE社と提携
遺伝子発現プロファイルデータベースの構築
遺伝子発現プロファイル解析ツールの開発
遺伝子発現ネットワーク推定アルゴリズムとソフトウェアの研究開発(NEDO)
1995 ヒト遺伝子治療開始(NIH)
Flavr Savr(遺伝子組換えトマト)市販
微生物ゲノム (Mycoplasma genitalium、Haemophilus influenzae) の全塩基配列決定
1996 クローン羊ドリー出産(体細胞クローン技術の開発)
1998 ヒトES細胞作製
1999 ヒトの22番染色体を解読
2000 マイクロサテライトによる疾患感受性領域の同定支援
細胞内ネットワークのシミュレータ開発
ゲノム上の全タンパク質の構造解析システムの開発
cDNAの構造・機能予測システムの開発
疾患SNPs検索、解析システムの開発/疾患関連遺伝子の多様性解析
糖鎖合成関連遺伝子ライブラリーの構築のためのバイオインフォマティクス技術の研究開発(NEDO)
糖鎖構造データベースと解析ソフトウェアの研究開発(NEDO)
質量分析波形解析ソフトウェア「Mass Navigator」の開発
プロテオーム解析プラットフォーム「Xome」の開発
2000 シロイヌナズナのゲノムを完全解読(かずさDNA研究所ら)
2001 シロイヌナズナのゲノムを完全解読(かずさDNA研究所ら)
2002 ヒトゲノムシーケンスのドラフトを発表
2003 稲の全遺伝情報の解読に成功(スイスの農業会社と米中の合同研究チーム)
質量分析法・田中耕一氏ノーベル化学賞受賞
2005 特許出願技術動向調査「バイオインフォマティクス」
シグナル伝達、代謝パスウェイ等のネットワークの描画、シミュレーションを行うSBMLモデルエディタ 「CellDesigner」の開発
2005 BSE感染牛を食べて「変異型クロイツフェルト・ヤコブ病」発症患者が国内初発生
次世代シーケンサー登場
2006 ミレニアムPJの日本人5疾患に関するNP、遺伝子発現、 、タンパク質2D-DIGEのデータを公開する 「疾患データベース(GeMDBJ)」の構築
AffymetrixDNAチップ解析用データベースの開発
特許庁標準技術集「質量分析(マススペクトロメトリー)」作成
MRM定量システムで使用するペプチドを選び出すためのソフトウェアの開発
メタボローム解析用ソフトウェアの開発
電子顕微鏡実験データベースシステムの構築
作物土壌中の微生物叢の解析データベースの構築
作物土壌中の微生物叢のPCR-DGGE画像解析データベースの構築
遺伝子発現データマイニングシステムの開発
遺伝子発現データをクエリに公開データベース(GEO)を検索しネットワークを描かせるデータベースの開発
ゲノムネットワーク用統合XMLデータベースの構築
2006 生殖細胞使わずに皮膚から万能細胞作製に成功(京大再生医科学研究所)
2007 薬学系統合検索システムの開発
CASP7参加要員
化合物等を活用した生物システム制御基盤技術開発プロジェクト(NEDO)
MRM定量システムの開発
プロテオーム解析プラットフォームの開発
脂質同定システム 「Lipid Search」の開発
ターゲットタンパク質実験マネージメントシステムの構築
GPCRリガンドデータベースの構築
遺伝子発現データクオリティコントロールシステムの開発
2007 ヒトiPS細胞作製
2008 生化学パスウェイ、転写制御ネットワークなどを マップとして公開し、ユーザがマップ上にコメントや キーワードなどのタグ付けを行うシステム「Payao」の開発
生命科学データベース横断検索システムの開発
統合遺伝子データベースの開発
2008 ネアンデルタール人のミトコンドリアDNA、配列解析に成功
2009 タンパク質の構造・機能・相互作用予測システムの開発と展開
マウス胚の画像データベース構築支援
国内基盤技術調査「睡眠障害に関する医療ニーズの調査」
薬剤候補物質の作用機序解析
将来動向調査「ウィルス感染症の将来動向」
国内基盤技術調査「性差医療に関する医療ニーズの調査」
2009 万能インフルエンザ治療薬へ向け、インフルエンザウィルスのRNAポリメラーゼ結晶構造解明(横浜市立大、筑波大)

ゲノム・トランストリプトーム・プロテオーム

ゲノム

内容

キーワード

依頼元

分野

2DICALを用いた多層的オミックス解析支援業務

ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム、医療

公的研究機関

医療

連鎖解析手法の調査及び解析デザインの構築

ゲノム、統計解析

公的研究機関

生命科学

次世代シーケンサ配列及び表現型情報統計処理システム構築業務

イネ、ゲノム

公的研究機関

農学

次世代シーケンサー向け最新データ解析環境の調査

ゲノム、統計解析

公的研究機関

生命科学

薬剤候補物質の作用機序解析

マイクロアレイ解析、プロモーター解析、プロテオーム解析

民間企業

薬学・創薬

マイクロサテライトによる疾患感受性領域の同定支援

疾患、マーカー探索

その他

バイオインフォマティクス

ミレニアムPJの日本人5疾患に関するSNP、遺伝子発現、タンパク質2D-DIGEのデータを公開する「疾患データベース(GeMDBJ)」の構築

疾患、SNP、マイクロアレイ、プロテオーム、画像、データベース

公的研究機関

医療

 

 

トランスクリプトーム

内容

キーワード

依頼元

分野

次世代シーケンスデータ解析支援

次世代シーケンスデータ解析

公的研究機関

医療

網羅的メチル化データ解析支援

メチル化解析

公的研究機関

医療

2DICALを用いた多層的オミックス解析支援業務

ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム、医療

公的研究機関

医療

がん診断マーカー候補の探索支援

医療、がん、マーカー探索

公的研究機関

その他

遺伝子発現データ解析支援

マイクロアレイ解析

公的研究機関

医療

薬剤候補物質の作用機序解析

マイクロアレイ解析、プロモーター解析、プロテオーム解析

民間企業

薬学・創薬

発現データをクエリにGEO内の似たデータを検索しネットワークを描かせるデータベースの開発

マイクロアレイ、ネットワーク、データベース

公的研究機関

薬学・創薬

遺伝子発現データマイニング解析支援

マイクロアレイ解析、細胞表面糖鎖解析、メチル化解析

公的研究機関

医療

ミレニアムPJの日本人5疾患に関するSNP、遺伝子発現、タンパク質2D-DIGEのデータを公開する「疾患データベース(GeMDBJ)」の構築

疾患、SNP、マイクロアレイ、プロテオーム、画像、データベース

公的研究機関

医療

遺伝子発現プロファイル解析ツールの受託開発

マイクロアレイ、統計解析

その他

バイオインフォマティクス

遺伝子発現プロファイルデータベースの構築

マイクロアレイ、アノテーション、データベース

その他

バイオインフォマティクス

ゲノムネットワーク用統合XMLデータベースの構築

遺伝子転写ネットワーク、データベース

公的研究機関

生命科学

遺伝子発現ネットワーク推定アルゴリズムとソフトウェアの研究開発(NEDO)

遺伝子発現ネットワーク

官公庁

その他

作物土壌中の微生物叢のマイクロアレイ解析データベースの構築

微生物、マイクロアレイ、データベース

公的研究機関

農学

 

 

 

プロテオーム

内容

キーワード

依頼元

分野

薬剤候補物質の作用機序解析

マイクロアレイ解析、プロモーター解析、プロテオーム解析

民間企業

薬学・創薬

2DICALを用いた多層的オミックス解析支援業務

ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム、医療

公的研究機関

医療

がん診断マーカー候補の探索支援

医療、がん、マーカー探索

公的研究機関

その他

BIRDタンパク質の構造・機能・相互作用予測システムの開発と展開

蛋白質立体構造解析

公的研究機関

生命科学

・CASP7参加要員

・NEDO化合物等を活用した生物システム制御基盤技術開発プロジェクト

蛋白質立体構造解析

公的研究機関

生命科学

ミレニアムPJの日本人5疾患に関するSNP、遺伝子発現、タンパク質2D-DIGEのデータを公開する「疾患データベース(GeMDBJ)」の構築

疾患、SNP、マイクロアレイ、プロテオーム、画像、データベース

公的研究機関

医療

MRM定量システムの受託開発

プロテオーム

公的研究機関

生命科学

MRM定量システムで使用するペプチドを選び出すためのソフトウェアの受託開発

プロテオーム

公的研究機関

生命科学

プロテオーム解析プラットフォーム「Xome」の受託開発

質量分析、プロテオーム

民間企業

薬学・創薬

波形解析ソフトウェア「Mass Navigator」の受託開発

質量分析、プロテオーム

民間企業

薬学・創薬

ターゲットタンパク質実験マネージメントシステムの構築

タンパク質、オントロジー、データベース

公的研究機関

生命科学

(特許庁)標準技術集「質量分析(マススペクトロメトリー)」作成

質量分析、プロテオーム

官公庁

その他

糖鎖・脂質・メタボローム・パスウェイ

糖鎖

内容

キーワード

依頼元

分野

糖鎖構造データベースと解析ソフトウェアの研究開発(NEDO)

糖鎖、データベース

公的研究機関

生命科学

糖鎖合成関連遺伝子ライブラリーの構築のためのバイオインフォマティクス技術の研究開発(NEDO)

糖鎖、遺伝子

公的研究機関

生命科学

 

 

脂質・メタボローム

内容

キーワード

依頼元

分野

2DICALを用いた多層的オミックス解析支援業務

ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム、医療

公的研究機関

医療

新規代謝経路マッピングツールの開発

メタボローム、タンパク質、パスウェイ

公的研究機関

工学

脂質同定システム 「Lipid Search」の受託開発

質量分析、脂質、メタボローム

公的研究機関

生命科学

 

 

パスウェイ

内容

キーワード

依頼元

分野

新規代謝経路マッピングツールの開発

メタボローム、タンパク質、パスウェイ

公的研究機関

工学

発現データをクエリにGEO内の似たデータを検索しネットワークを描かせるデータベースの開発

マイクロアレイ、ネットワーク、データベース

公的研究機関

薬学・創薬

シグナル伝達、代謝パスウェイ等のネットワークの描画、シミュレーションを行うSBMLモデルエディタ「CellDesigner」の受託開発

システムバイオロジー

公的研究機関

生命科学

生化学パスウェイ、転写制御ネットワークなどをマップとして公開し、ユーザがマップ上にコメントやキーワードなどのタグ付けを行うシステム「Payao」の受託開発

パスウェイ、システムバイオロジー

公的研究機関

生命科学

ゲノムネットワーク用統合XMLデータベースの構築

遺伝子転写ネットワーク、データベース

公的研究機関

生命科学

遺伝子発現ネットワーク推定アルゴリズムとソフトウェアの研究開発(NEDO)

遺伝子発現ネットワーク

官公庁

その他

医療・薬学・創薬・その他

医療

内容

キーワード

依頼元

分野

次世代シーケンスデータ解析支援

次世代シーケンスデータ解析

公的研究機関

医療

網羅的メチル化データ解析支援

メチル化解析

公的研究機関

医療

がん診断マーカー候補の探索支援

医療、がん、マーカー探索

公的研究機関

その他

遺伝子発現データ解析支援

マイクロアレイ解析

公的研究機関

医療

遺伝子発現データマイニング解析支援

マイクロアレイ解析、細胞表面糖鎖解析、メチル化解析

公的研究機関

医療

マイクロサテライトによる疾患感受性領域の同定支援

疾患、マーカー探索

その他

バイオインフォマティクス

ミレニアムPJの日本人5疾患に関するSNP、遺伝子発現、タンパク質2D-DIGEのデータを公開する「疾患データベース(GeMDBJ)」の構築

疾患、SNP、マイクロアレイ、プロテオーム、画像、データベース

公的研究機関

医療

 

 

薬学・創薬

内容

キーワード

依頼元

分野

2DICALを用いた多層的オミックス解析支援業務

ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム、医療

公的研究機関

医療

新規代謝経路マッピングツールの開発

メタボローム、タンパク質、パスウェイ

公的研究機関

工学

将来動向調査「慢性疼痛の将来動向」

薬学・創薬

公的研究機関

薬学・創薬

国内基盤技術調査「2020年の医療ニーズの展望」

薬学・創薬

公的研究機関

薬学・創薬

薬剤候補物質の作用機序解析

マイクロアレイ解析、プロモーター解析、プロテオーム解析

民間企業

薬学・創薬

発現データをクエリにGEO内の似たデータを検索しネットワークを描かせるデータベースの開発

マイクロアレイ、ネットワーク、データベース

公的研究機関

薬学・創薬

・CASP7参加要員

・NEDO化合物等を活用した生物システム制御基盤技術開発プロジェクト

蛋白質立体構造解析

公的研究機関

生命科学

GPCRリガンドデータベースの構築

リガンド、データベース

公的研究機関

薬学・創薬

プロテオーム解析プラットフォーム「Xome」の受託開発

質量分析、プロテオーム

民間企業

薬学・創薬

波形解析ソフトウェア「Mass Navigator」の受託開発

質量分析、プロテオーム

民間企業

薬学・創薬

薬学系統合検索システムの受託開発

薬学・創薬、検索システム

公的研究機関

薬学・創薬

国内基盤技術調査「睡眠障害に関する医療ニーズの調査」

薬学・創薬

公的研究機関

薬学・創薬

将来動向調査「ウィルス感染症の将来動向」

薬学・創薬

公的研究機関

薬学・創薬

国内基盤技術調査「性差医療に関する医療ニーズの調査」

薬学・創薬

公的研究機関

薬学・創薬

 

その他

内容

キーワード

依頼元

分野

2DICALを用いた多層的オミックス解析支援業務

ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム、医療

公的研究機関

医療

海洋生物サンプルデータベース構築

海洋生物、画像、データベース

公的研究機関

その他

マウス胚の画像データベース構築支援

発生、画像、データベース

公的研究機関

医療

ミレニアムPJの日本人5疾患に関するSNP、遺伝子発現、タンパク質2D-DIGEのデータを公開する「疾患データベース(GeMDBJ)」の構築

疾患、SNP、マイクロアレイ、プロテオーム、画像、データベース

公的研究機関

医療

生命科学データベース横断検索システムの受託開発

生命情報全般、検索システム、データベース

公的研究機関

バイオインフォマティクス

薬学系統合検索システムの受託開発

薬学・創薬、検索システム

公的研究機関

薬学・創薬

電子顕微鏡実験データベースシステムの構築

顕微鏡、画像、データベース

公的研究機関

生命科学

作物土壌中の微生物叢のPCR-DGGE画像解析データベースの構築

微生物、画像、データベース

公的研究機関

農学

特許出願技術動向調査「バイオインフォマティクス」

特許、バイオインフォマティクス

官公庁

その他

・肺腺癌の多段階発生過程におけるDNAメチル化異常 
濱田賢一1,2, 新井恵吏1, 河野隆志3, 高橋順子4, 深町幸宏4, 蔦幸治5, 渡辺俊一6, 吉田輝彦7, 淺村尚生2,金井弥栄1
1慶應義塾大学医学部病理学教室,2慶應義塾大学医学部外科学教室(呼吸器), 3国立がん研究センター研究所ゲノム生物学研究分野, 4三井情報株式会社ソリューションセンターバイオメディカル室, 5関西医科大学付属病院臨床検査医学科, 6国立がん研究センター中央病院呼吸器外科,7国立がん研究センター研究所基盤的臨床開発研究コアセンター
第58回 日本肺癌学会(2017)

 

・拡張代謝パスウェイデータベース「M-path」の構築 
小川哲平1)、牧口大旭1)、荒木通啓2),3)
1)三井情報株式会社 2)京都大学 大学院医学研究科 3)神戸大学 大学院科学技術イノベーション研究科
トーゴーの日シンポジウム2017(2017)

 

・多層的疾患オミックス解析のための統合データベース ”iDOx DB” 
田中啓太1)、中川寛之1)、友田史緒里1)、高橋順子1)、金井弥栄2)、松本健治3)、南野直人4)、斎藤嘉朗5)、吉田輝彦6)
1)三井情報株式会社、2)慶應義塾大学医学部、3)国立成育医療研究センター、4)国立循環器病研究センター、5)国立医薬品食品衛生研究所、6)国立がん研究センター研究所
トーゴーの日シンポジウム2017(2017)

 

・ホルマリン固定パラフィン包埋組織はゲノム網羅的DNAメチル化解析に利用できる
Formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples are available for genome-wide DNA methylation analysis 
尾原健太郎1,新井恵吏1,深町幸宏2,高橋順子2,込山元清3,藤元博行3,吉田輝彦4,金井弥栄1
1慶應義塾大学医学部病理学教室,2三井情報株式会社ソリューションセンターバイオメディカル室,3国立がん研究センター中央病院後腹膜・泌尿器科,4国立がん研究センター研究所基盤的臨床開発研究コアセンター
第76回日本癌学会(2017)

 

・Development of Extension Pathway for Human-Specific Metabolic Reactions 
Teppei Ogawa, Hiroki Makiguchi, Michihiro Araki
第6回生命医薬情報学連合大会(2017)

 

・Lipid Search5.0: A New Software for Processing Data from Direct Insufion and LC-MS High Resolution Mass Spectrometry Based Lipidomics Workflow 
David A Peake1 , Yasuto Yokoi2 , Yukihiro Fukamachi2 , Reiko Kiyonami1 , Elena Sokol 1 and Gavin Reid3 , 1Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA, USA; 2Mitsui Knowledge Industry Co., Tokyo, Japan; 3University of Melbourne, Parkville, Victoria, Australia
ASMS(2017)

 

・Development of Design Platform for Metabolic Pathways. 
Teppei Ogawa, Hiroki Makiguchi, Michihiro Araki
第5回生命医薬情報学連合大会(2016)

 

・バイオサイエンスデータベースセンターの各種RDFストアの整備状況と活用促進 
畠中秀樹1)、大波純一1)、大久保克彦2)、井上圭介3)、加藤健弘2)、杉崎太一朗4)、信定知江1)、八塚茂1)
1)科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター 2)株式会社日立製作所 3)株式会社日立公共システム 4)三井情報株式会社
第39回分子生物学会(2016)

 

・バイオプロセスデザインプラットフォームの構築
牧口 大旭、小川 哲平、荒木通啓
第39回日本分子生物学会(2016)

 

・生命科学データベース横断検索の情報検索高度化に向けた取り組み 
大波純一1)、杉崎太一朗2)、坂本麗2)、平井信一2)、牧口大旭2)、川本祥子3)、畠中秀樹1)
1)科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター 2)三井情報株式会社
3)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
トーゴーの日シンポジウム2016(2016)

 

・Integrated Software for Data Processing and Analysis in Direct Infusion Ultra-High Resolution / Accurate Mass Spectrometry Based ‘Top-Down’ Lipidomics Workflows; 
Yasuto Yokoi1 ; Yukihiro Fukamachi1 ; David Peake2 ; Reiko Kiyonami2 ; Eileen Ryan3 ; Gavin E Reid3 ; 1 Mitsui Knowledge Industry Co, Tokyo, Japan; 2 Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA; 3 University of Melbourne, Victoria, Australia
ASMS(2016)

 

・研究現場でのクラウド利活用ー事例から見る最適なサービス設計 
牧口大旭
三井情報株式会社
第16回IPABシンポジウム(2016)

 

・インシリコ代謝経路設計基盤の展開 
荒木通啓、牧口大旭、日本薬学会第136回年会(2016)小川哲平、近藤昭彦
日本薬学会第136回年会(2016)

 

・生命科学系データベースに含まれる外部データベースへのリンク及びダウンロードデータの状況調査と傾向分析
Investigation and trend analysis of external links and downloadable datasets in life science databases 
大波純一1、信定知江1、畠中秀樹1、宮崎敦子1、杉崎太一朗2、平井信一2、牧口大旭2、大久保克彦3、井上圭介4、川本祥子5,6 、高木利久1,7,8
1.科学技術振興機構・バイオサイエンスデータベースセンター 2.三井情報・バイオメディカル 3.日立製作所/情報・通信システム 4 日立公共システム・自治2
5. 情報・システム研究機構・ライフサイエンスデータベースセンター 6. 近畿大・院総合理工・遺伝カウンセラー 7. 遺伝研・DDBJセンター 8.東大・院理・生物科学
第38回分子生物学会(2015)

 

・遺伝カウンセラーのための情報検索サイトの活用とシステム最適化に関する検討
杉崎 太一朗1 大波 純一2 川本 祥子3,4
1 三井情報(株) バイオメディカル室
2科学技術振興機構・バイオサイエンスデータベースセンター(JST, NBDC) 3近畿大・院総合理工・遺伝カウンセラー
4情報・システム研究機構・ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
第38回分子生物学会(2015)

 

・M-Path&PathPod:バイオプロセスデザインプラットフォームと統合型パスウェイデータベースシステム 
牧口大旭、小川哲平、近藤昭彦、荒木通啓
第38回分子生物学会(2015)

 

・生命科学データベース横断検索のメタ情報利用とインフラ環境強化
大波純一1)、杉崎太一朗2)、青木健一2)、平井信一2)、牧口大旭2)、川本祥子3)、畠中秀樹1)、三橋信孝1)
1)科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター 2)三井情報株式会社 3)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
トーゴーの日シンポジウム2015(2015)

 

・遺伝カウンセラーのための情報検索サイトの構築 
Information retrieval system for genetic counselor using NBDC cross search 
川本祥子1,3、大波純一2、杉崎太一郎4、田村和朗1、巽純子1、高木利久2 
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター2、情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター3、三井情報株式会社4
日本遺伝カウンセリング学会(2015)

 

・New approach for Metabolomics pathway analysis 
Oshida, T., Ogawa, T., Yokoi, Y., Fukamachi, Y., Araki, M., Makiguchi, H.
ASMS2015 (2015)

 

・代謝シミュレーション基盤を利用した網羅的メタボローム推定 
荒木通啓、牧口大旭、小川哲平、近藤昭彦
日本薬学会第135回年会(2015)

 

・Epigenome Mapping of Human Normal Purified Hepatocytes by the International Human Epigenome Consortium(IHEC): Personal Epigenome Variation and Genome-Epigenome Interaction 
Eri Arai, Fumihito Miura, Yasushi Totoki, Satoshi Yamashita, Ying Tian, Masahiro Gotoh, Hidenori Ojima, Hiroyuki Nakagawa, Yoriko Takahashi, Hiromi Nakamura, Natsuko Hama, Mamoru Kato, Tomoo Kosuge, Yutaka Suzuki, Takashi Ito, Tatsuhiro Shibata, Yae Kanai,.IHEC Science Day & Annual Meeting 2015 (2015)

 

Development of M-path platform for Navigating Potential Metabolic Pathways
Teppei Ogawa, Hiroki Makiguchi, Masahiko Nakatsui, Robert Cox III, Akihiko Kondo, Michihiro Araki,.23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 14th European Conference on Computational Biology(2015)

 

New approach for Metabolomics pathway analysis
Takehiro Oshida, Teppei Ogawa, Yasuto Yokoi, Yukihiro Fukamachi, Michihiro Araki, Akihiko Kondo, Hiroki Makiguchi,.63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics(2015)

 

肝多段階発がん過程におけるエピゲノム異常: ウイルス性肝炎・肝硬変症のゲノム網羅的DNA メチル化解析
新井 恵吏、田 迎、後藤 政広、高橋 順子、尾島 英知、小菅 智男、金井 弥栄 第104回日本病理学会総会(2015)

 

Genome-wide DNA methylation analysis in precancerous conditions associated with hepatitis B virus and hepatitis C virus infection
Eri Arai, Ying Tian, Masahiro Gotoh, Yoriko Takahashi, Hidenori Ojima, Tomoo Kosuge, Yae Kanai AACR Annual Meeting 2015(2015)

 

・Construction of M-path Database for Expanding Metabolic Pathways 
Teppei Ogawa, Hiroki Makiguchi, Masahiko Nakatsui, Robert Cox III, Akihiko Kondo, Takeshi Taniguchi, Kohei Miyaoku, Michihiro Araki,.Active Enzyme Molecule 2014(2014)

 

生命科学系公開データベースの構成の分類と横断検索システムによる適切な探索方式の検討
大波 純一、杉崎 太一朗、青木 健一、平井 信一、牧口 大旭、宮崎 敦子、三橋 信孝、畠中 秀樹、川本 祥子 第37回日本分子生物学会(2014)

 

生命科学系公開データベース情報を利用したコーパス構築
杉崎 太一朗、牧口 大旭、大波 純一、川本 祥子 第37回日本分子生物学会(2014)

 

M-path: 拡張代謝パスウェイデータベースの構築
牧口 大旭、小川 哲平、中津井 雅彦、Cox III Sidney Robert、近藤 昭彦、谷口 岳志、宮奥 康平、荒木 通啓 第37回日本分子生物学会(2014)

 

Higher Resolution LC-MS and MS-MS Analysis of Lipid Extracts using Benchtop Orbitrap-based Mass Spectrometers and LipidSearch Software
David Peake, Junhua Wang, Yasuto Yokoi, Yingying Huang,.62nd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics(2014)

 

Lipidomics analysis using high-throughput search engine “LipidSearch”
Y. Yokoi, T. Oshida, Y. Fukamachi, D. Peake, J. Wang, Y. Huang, R.Taguchi,.1st Asian Conference on Oleo Science(2014)

 

オミックス解析ソリューションへの取り組み
押田 健寛 JASIS2014 診断支援とメタボリック・プロファイング(2014)

 

バイオプロセス合成経路データベース"M-path"の構築
小川 哲平、牧口 大旭、中津井 雅彦、Robert Cox III、近藤 昭彦、谷口 岳志、宮奥 康平、荒木 通啓 生命医薬情報学連合大会2014年大会(2014)

 

MKIのバイオインフォマティクスから新たな価値創造へ
望月 洋明 生命医薬情報学連合大会2014年大会 キャリアセッション(2014)

 

CpGアイランドメチル化形質陽性腎淡明細胞がんの多層的オミックス解析
新井恵吏、坂本裕美、尾野雅哉、高橋順子、宮田彩香、藤元博行、後藤政広、山田哲司、金井弥栄 第103回日本病理学会総会(2014)

 

Multilayer omics analyses in CpG island methylator phenotype clear cell renal cell carcinomas
Eri Arai, Hiromi Sakamoto, Masaya Ono, Yoriko Takahashi, Sayaka Miyata, Hiroyuki Fujimoto, Masahiro Gotoh, Tesshi Yamada, Yae Kanai,.AACR Annual Meeting 2014(2014)

 

生命科学横断検索システムを利用した遺伝カウンセリングに有用な情報検索 / Information retrieval system for genetic counseling using NBDC cross search
川本 祥子、大波 純一、杉崎 太一朗、田村 和朗、巽 純子、高木 利久 第59回日本人類遺伝学会/第21回日本遺伝子診療学会(2014)

 

Reverse engineering and forward simulation modeling of renal cell carcinomas based on multilayer-omics analysis.
新井恵吏、高橋順子、坂本裕美、尾野雅哉、宮田彩香、藤元博行、山田哲司、吉田輝彦、金井弥栄 第73回日本癌学会学術総会(2014)

 

New 2-Dimensional Image-Converted Analysis of Liquid Chromatography and Mass Spectrometry (2DICAL) Version with an Algorithm for High-Performance Mass Spectrometry Data
Tomohiro Sakuma, Miho Banno1, Masahiro Kamita, Tesshi Yamada, Masaya Ono,.61st ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics(2013)

 

インシリコ創薬に向けた標的タンパク質モデリングからのアプローチ
佐藤美和 生命医薬情報学連合大会2013年大会(2013)

 

・がん抑制遺伝子PHLDA3による新規Akt抑制メカニズムの解明 
西川 雷羅、齋藤 梢、川瀬 竜也、佐藤 美和、並木 秀男、広川 貴次、大木 理恵子 第36回分子生物学会(2013)

 

LipidSearchを利用したリピドミクス解析
押田 健寛 JASIS2013 診断支援とメタボリック・プロファイング(2013)

 

Wonder 3: A new computer algorithm for identification of modified proteins by utilizing MS3 multiple tandem mass spectra
Tomohiro Sakuma, Masaya Ono, Hideya Kuwabara, Miho Banno, Masahiro Kamita, Tesshi Yamada,.60th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics(2012)

 

Automated shotgun lipidomic analysis by the search engine LipidSearch using triple quad and ion mobility-TOF instruments
Yasuto Yokoi, Giuseppe Astarita, Giorgis Isaac, Jim Langridge, Norihiro Kikuch,.60th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics(2012)

 

・UPLC/MS and shotgun lipidomics using the search engine LipidSearch 
Yasuto Yokoi, Giuseppe Astarita, Giorgis Isaac, James Langridge, Alan Millar, Norihiro Kikuchi,.60th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics(2012)

 

Higher-efficiency lipid profiling system using a quadrupole orbitrap mass spectrometer and an automated search engine Lipid Search
Takayuki Yamada, Takato Uchikata, Shigeru Sakamoto, Yasuto Yokoi, Eiichiro Fukusaki, Takeshi Bamba,.60th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics(2012)

 

Development of a high-throughput lipid profiling method by using a quadrupole orbitrap mass spectrometer and an automated lipid identification software
Yamada T, Uchikata T, Sakamoto S, Yokoi Y, Fukusaki E, Bamba T. SFC 2012(2012)
※6th International Conference on Packed Column SFC BEST Poster Award Second Place を受賞しました
SFC2012
大阪大学馬場先生

 

・PHLDA3によるがん遺伝子Akt抑制メカニズムの解明 
齋藤 梢、川瀬 竜也、佐藤 美和、並木 秀男、広川 貴次、大木 理恵子 第34回分子生物学会(2011)

 

フラグメントベースアプローチによるGPCRの立体構造予測
佐藤 美和、広川 貴次 第131回日本薬学会(2011)

 

LipidSearchについて 
横井靖人 第52回脂質生化学会(2009)

 

蛋白ID を用いたデータベース横断検索システム
畠中秀樹、平井信一、大野忠、多門啓子、高橋順子、押田健寛、牧口大旭、奥村利幸、川本祥子、西川哲夫、中村春木、高木利久 第10回日本蛋白質科学会年会(2010)

 

・生命情報データベースの横断検索システム:Web-API サービスの開発 
牧口大旭、高橋順子、川崎恭実子、川本祥子、高木利久 第32回日本分子生物学会(2009)

 

・キーワードと蛋白IDを用いた横断検索システム 
畠中秀樹、平井信一、大野忠、高橋順子、牧口大旭、奥村利幸、熊谷禎洋、八塚茂、川本祥子、西川哲夫、中村春木、高木利久 第32回日本分子生物学会(2009)

 

脂質同定システム Lipid Search 
横井靖人 第51回脂質生化学会

 

・統合型薬学情報ナビゲーションシステムの開発 
多門啓子、牧口大旭、荒木通啓、薮内弘昭、奥野恭史、金子周司 第129回日本薬学会(2009)

 

遺伝子発現プロファイルに基づいたマイクロアレイデータ検索システム(GEM-TREND) 
Feng C, Araki M, Kunimoto R, Tamon A, Makiguchi H, Niijima S, Tsujimoto G, Okuno Y,.第129回日本薬学会(2009)

 

・Development of Data Analysis Platform for Quantitative Proteomics 
Nakagawa H, Makiguchi H, Kawahara R, Sakai J, Kimura T,.The Pacific Symposium on Biocomputing 2009(2009)

 

脂質自動同定システムの構築 
横井靖人、中西広樹、池田和貴、田口良 第57回質量分析討論会(2009)

 

・Gene Ontology を用いたパスウェイの類似性計算方法の評価 
柳澤宏次、高井貴子、田中博 オミックス医療が拓く未来2008シンポジウム(2008)

 

・文科省「統合データベースプロジェクト」における生命科学データベース横断検索システムの開発 
牧口大旭、川原麗子、大野忠、奥村利幸、川本祥子、大久保公策、高木利久 第31回日本分子生物学会(2008)

 

・シスエレメント予測支援システムCis-Finderの開発とゲノムネットデータ解析への応用 
大野忠、奥村利幸、池尾一穂、五條堀孝 第31回日本分子生物学会(2008)

 

GLIDA: ケミカルゲノミクスに基づくドラッグ探索のためのGPCR-リガンド相互作用解析データベース 
多門啓子、薮内弘昭、新島聡、箕輪洋介、外村孝一郎、国本亮、馮春来、奥野恭史 第128回日本薬学会(2008)

 

タンパク質立体構造予測パイプラインFORTE-SUITE向け網羅的モデリング・構造評価システム 
本野千恵、広川貴次、佐藤美和、藤原康広、三十尾潔高、酒谷尚文、富井健太郎、秋山泰 第45回日本生物物理学会(2007)

投稿論文(技術提供含む)

Clinical sequencing using a next-generation sequencing-based multiplex gene assay in patients with advanced solid tumors.
Kou T, Kanai M, Yamamoto Y, Kamada M, Nakatsui M, Sakuma T, Mochizuki H, Hiroshima A, Sugiyama A, Nakamura E, Miyake H, Minamiguchi S, Takaori K, Matsumoto S, Haga H, Seno H, Kosugi S, Okuno Y, Muto M.
Cancer Sci. 2017 Jul;108(7):1440-1446. doi: 10.1111/cas.13265. Epub 2017 May 22.

 

Genome-wide DNA methylation analysis during non-alcoholic steatohepatitis-related multistage hepatocarcinogenesis: comparison with hepatitis virus-related carcinogenesis.
Kuramoto J, Arai E, Tian Y, Funahashi N, Hiramoto M, Nammo T, Nozaki Y, Takahashi Y, Ito N, Shibuya A, Ojima H, Sukeda A, Seki Y, Kasama K, Yasuda K, Kanai Y.
Carcinogenesis. 2017 Mar 1;38(3):261-270. doi: 10.1093/carcin/bgx005.

 

Genes involved in development and differentiation are commonly methylated in cancers derived from multiple organs: a single-institutional methylome analysis using 1007 tissue specimens.
Ohara K, Arai E, Takahashi Y, Ito N, Shibuya A, Tsuta K, Kushima R, Tsuda H, Ojima H, Fujimoto H, Watanabe SI, Katai H, Kinoshita T, Shibata T, Kohno T, Kanai Y.
Carcinogenesis. 2017 Mar 1;38(3):241-251. doi: 10.1093/carcin/bgw209.

 

The Effect of Conformational Flexibility on Binding Free Energy Estimation between Kinases and Their Inhibitors
Mitsugu Araki, Narutoshi Kamiya, Miwa Sato, Masahiko Nakatsui, Takatsugu Hirokawa, Yasushi Okuno
J. Chem. Inf. Model., 2016, 56 (12), pp 2445–2456. doi: 10.1021/acs.jcim.6b00398

 

M-path: a compass for navigating potential metabolic pathways.
Araki M, Cox RS 3rd, Makiguchi H, Ogawa T, Taniguchi T, Miyaoku K, Nakatsui M, Hara KY, Kondo A.
Bioinformatics. 2015 Mar 15;31(6):905-11. doi: 10.1093/bioinformatics/btu750. Epub 2014 Nov 13.

 

Alternative mammalian target of rapamycin (mTOR) signal activation in sorafenib-resistant hepatocellular carcinoma cells revealed by array-based pathway profiling.
Masuda M, Chen WY, Miyanaga A, Nakamura Y, Kawasaki K, Sakuma T, Ono M, Chen CL, Honda K, Yamada T.
Mol Cell Proteomics. 2014 Jun;13(6):1429-38. doi: 10.1074/mcp.M113.033845. Epub 2014 Mar 18.

 

MicroRNA expression and functional profiles of osteosarcoma.
Kobayashi E, Satow R, Ono M, Masuda M, Honda K, Sakuma T, Kawai A, Morioka H, Toyama Y, Yamada T.
Oncology. 2014;86(2):94-103. doi: 10.1159/000357408. Epub 2014 Jan 18.

 

Molecular architecture of the active mitochondrial protein gate.
Takuya Shiota, Kenichiro Imai, Jian Qiu, Victoria L. Hewitt, Khershing Tan, Hsin-Hui Shen, Noriyuki Sakiyama, Yoshinori Fukasawa, Sikander Hayat, Megumi Kamiya, Arne Elofsson, Kentaro Tomii, Paul Horton, Nils Wiedemann, Nikolaus Pfanner, Trevor Lithgow, Toshiya Endo., Science. (2015)

 

PDGFR-β Plays a Key Role in the Ectopic Migration of Neuroblasts in Cerebral Stroke.
Sato H, Ishii Y, Yamamoto S, Azuma E, Takahashi Y, Hamashima T, Umezawa A, Mori H, Kuroda S, Endo S, Sasahara M., Stem Cells. (2015)

 

Alterations of the spindle checkpoint pathway in clinicopathologically aggressive CpG island methylator phenotype clear cell renal cell carcinomas.
Arai E, Gotoh M, Tian Y, Sakamoto H, Ono M, Matsuda A, Takahashi Y, Miyata S, Totsuka H, Chiku S, Komiyama M, Fujimoto H, Matsumoto K, Yamada T, Yoshida T, Kanai Y., Int J Cancer. (2015)

 

Epigenetic clustering of gastric carcinomas based on DNA methylation profiles at the precancerous stage: its correlation with tumor aggressiveness and patient outcome.
Yamanoi K, Arai E, Tian Y, Takahashi Y, Miyata S, Sasaki H, Chiwaki F, Ichikawa H, Sakamoto H, Kushima R, Katai H, Yoshida T, Sakamoto M, Kanai Y., Carcinogenesis. (2015)

 

Epigenetic clustering of lung adenocarcinomas based on DNA methylation profiles in adjacent lung tissue: Its correlation with smoking history and chronic obstructive pulmonary disease.
Sato T, Arai E, Kohno T, Takahashi Y, Miyata S, Tsuta K, Watanabe S, Soejima K, Betsuyaku T, Kanai Y., Int J Cancer. (2014)

 

M-path: A Compass for Navigating Potential Metabolic Pathways. 
Araki M, Cox RS 3rd, Makiguchi H, Ogawa T, Taniguchi T, Miyaoku K, Nakatsui M, Hara KY, Kondo A. Bioinformatics (2014)

 

Rapid identification of fatty acids and (O-acyl)-ω-hydroxy fatty acids in human meibum by liquid chromatography/high-resolution mass spectrometry. 
Mori N, Fukano Y, Arita R, Shirakawa R, Kawazu K, Nakamura M, Amano S. J Chromatogr A (2014)
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Development of a lipid profiling system using reverse-phase liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry with rapid polarity switching and an automated lipid identification software. 
Yamada T, Uchikata T, Sakamoto S, Yokoi Y, Fukusaki E, Bamba T. J Chromatogr A (2013) 

 

Diagnostic and Prognostic Significance of the Alternatively Spliced ACTN4 Variant in High-grade Neuroendocrine Pulmonary Tumours. 
A Miyanaga, K Honda, K Tsuta, M Masuda, U Yamaguchi, G Fujii, A Miyamoto, S Shinagawa, N Miura, H Tsuda, T Sakuma, H Asamura, A Gemma, and T Yamada. Annals of Oncology (2013) 

 

Distinct outcome of stage I lung adenocarcinoma with ACTN4 cell motility gene amplification. 
Noro R, Honda K, Tsuta K, Ishii G, Maeshima AM, Miura N, Furuta K, Shibata T, Tsuda H, Ochiai A, Sakuma T, Nishijima N, Gemma A, Asamura H, Nagai K, Yamada T. Annals of Oncology (2013) 

 

Protein Experimental Information Management System (PREIMS) Based on Ontology: Development and Applications. 
Sato J, Kozaki K, Handa S, Ikeda T, Saka R, Tomizuka K, Nishiyama Y, Okumura T, Hirai S, Ohno T, Ohta M, Date S, Nakamura H. IPSJ Transactions on Bioinformatics (2013) 

 

Supercritical fluid chromatography/Orbitrap mass spectrometry based lipidomics platform coupled with automated lipid identification software for accurate lipid profiling. 

Yamada T, Uchikata T, Sakamoto S, Yokoi Y, Nishiumi S, Yoshida M, Fukusaki E, Bamba T. J Chromatogr A. (2013) 

 

Use of Quantitative Shotgun Proteomics to Identify Fibronectin 1 as a Potential Plasma Biomarker for Clear Cell Carcinoma of the Kidney. 
Akira Yokomizo, Michiko Takakura, Yae Kanai, Tomohiro Sakuma, Junichi Matsubara, Kazufumi Honda, Seiji Naito, Tesshi Yamada, and Masaya Ono. Cancer Biomarkers (2013) 

 

 

Altered Plasma Apolipoprotein Modifications in Patients with Pancreatic Cancer: Protein Characterization and Multi-institutional Validation. 
Kazufumi Honda, Takuji Okusaka, Klaus Felix, Shoji Nakamori, Naohiro Sata, Hideo Nagai, Tatsuya Ioka, Akihiko Tsuchida, Takeshi Shimahara, Masashi Shimahara, Yohichi Yasunami, Hideya Kuwabara, Tomohiro Sakuma, Yoshihiko Otsuka, Norihito Ota, Miki Shitashige, Tomoo Kosuge, Markus W B?chler, and Tesshi Yamada. PloS One (2012) 

 

Biomarker Discovery of Pancreatic and Gastrointestinal Cancer by 2DICAL: 2-Dimensional Image-Converted Analysis of Liquid Chromatography and Mass Spectrometry. 
Masaya Ono, Masahiro Kamita, Yusuke Murakoshi, Junichi Matsubara, Kazufumi Honda, Banno Miho, Tomohiro Sakuma, and Tesshi Yamada. International Journal of Proteomics (2012) 
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Carbonic Anhydrase I as a New Plasma Biomarker for Prostate Cancer. 
Michiko Takakura, Akira Yokomizo, Yoshinori Tanaka, Michimoto Kobayashi, Giman Jung, Miho Banno, Tomohiro Sakuma, Kenjiro Imada, Yoshinao Oda, Masahiro Kamita, Kazufumi Honda, Tesshi Yamada, Seiji Naito, and Masaya Ono. ISRN Oncology (2012) 
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Combined Functional Genome Survey of Therapeutic Targets for Clear Cell Carcinoma of the Kidney. 
Hideaki Ito, Kazufumi Honda, Reiko Satow, Eri Arai, Miki Shitashige, Masaya Ono, Tomohiro Sakuma, Shigeru Sakano, Katsusuke Naito, Hideyasu Matsuyama, and Tesshi Yamada. Japanese Journal of Clinical Oncology (2011) 

 

Identification of Adipophilin as a Potential Plasma Biomarker for Colorectal Cancer Using Label-free Quantitative Mass Spectrometry and Protein Microarray. 
Junichi Matsubara, Kazufumi Honda, Masaya Ono, Shigeki Sekine, Yoshinori Tanaka, Michimoto Kobayashi, Giman Jung, Tomohiro Sakuma, Shoji Nakamori, Naohiro Sata, Hideo Nagai, Tatsuya Ioka, Takuji Okusaka, Tomoo Kosuge, Akihiko Tsuchida, Masashi Shimahara, Yohichi Yasunami, Tsutomu Chiba, and Tesshi Yamada. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention (2011) 
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Plasma Biomarker Discovery and Validation for Colorectal Cancer by Quantitative Shotgun Mass Spectrometry and Protein Microarray. 
Yusuke Murakoshi, Kazufumi Honda, Shizuka Sasazuki, Masaya Ono, Ayako Negishi, Junichi Matsubara, Tomohiro Sakuma, Hideya Kuwabara, Shoji Nakamori, Naohiro Sata, Hideo Nagai, Tatsuya Ioka, Takuji Okusaka, Tomoo Kosuge, Masashi Shimahara, Yohichi Yasunami, Yoshinori Ino, Akihiko Tsuchida, Tatsuya Aoki, Shoichiro Tsugane, and Tesshi Yamada. Cancer Science (2011) 
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Reduced Plasma Level of CXC Chemokine Ligand 7 in Patients with Pancreatic Cancer. 
Junichi Matsubara, Kazufumi Honda, Masaya Ono, Yoshinori Tanaka, Michimoto Kobayashi, Giman Jung, Koji Yanagisawa, Tomohiro Sakuma, Shoji Nakamori, Naohiro Sata, Hideo Nagai, Tatsuya Ioka, Takuji Okusaka, Tomoo Kosuge, Akihiko Tsuchida, Masashi Shimahara, Yohichi Yasunami, Tsutomu Chiba, Setsuo Hirohashi, and Tesshi Yamada. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention (2011) 

 

SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins. 
Motono C, Nakata J, Koike R, Shimizu K, Shirota M, Amemiya T, Tomii K, Nagano N, Sakaya N, Misoo K, Sato M, Kidera A, Hiroaki H, Shirai T, Kinoshita K, Noguchi T, Ota M. Nucleic Acids Res. (2011) 

 

Genome-wide germline analyses on cancer susceptibility and GeMDBJ database: Gastric cancer as an example. 
Yoshida T, Ono H, Kuchiba A, Saeki N, Sakamoto H. Cancer Sci (2010) 

 

Payao: a community platform for SBML pathway model curation. 
Matsuoka Y, Ghosh S, Kikuchi N, Kitano H. Bioinformatics (2010) 

 

Reduced Argininosuccinate Synthetase Is a Predictive Biomarker for the Development of Pulmonary Metastasis in Patients with Osteosarcoma. 
Kobayashi E, Masuda M, Nakayama R, Ichikawa H, Satow R, Shitashige M, Honda K, Yamaguchi U, Shoji A, Tochigi N, Morioka H, Toyama Y, Hirohashi S, Kawai A, Yamada T. Mol Cancer Ther (2010) 

 

Survival Prediction for Pancreatic Cancer Patients Receiving Gemcitabine Treatment. 
Junichi Matsubara, Masaya Ono, Kazufumi Honda, Ayako Negishi, Hideki Ueno, Takuji Okusaka, Junji Furuse, Koh Furuta, Emiko Sugiyama, Yoshiro Saito, Nahoko Kaniwa, Junichi Sawada, Ayako Shoji, Tomohiro Sakuma, Tsutomu Chiba, Nagahiro Saijo, Setsuo Hirohashi, and Tesshi Yamada. Molecular & Cellular Proteomics (2010) 
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GEM-TREND: a web tool for gene expression data mining toward relevant network discovery. 
Feng C, Araki M, Kunimoto R, Tamon A, Makiguchi H, Niijima S, Tsujimoto G, Okuno Y. BMC Genomics (2009) 

 

Identification of a predictive biomarker for hematologic toxicities of gemcitabine. 
Matsubara J, Ono M, Negishi A, Ueno H, Okusaka T, Furuse J, Furuta K, Sugiyama E, Saito Y, Kaniwa N, Sawada J, Honda K, Sakuma T, Chiba T, Saijo N, Hirohashi S, Yamada T. J Clin Oncol (2009) 

 

Large-scale quantitative clinical proteomics by label-free liquid chromatography and mass spectrometry. 
Negishi A, Ono M, Handa Y, Kato H, Yamashita K, Honda K, Shitashige M, Satow R, Sakuma T, Kuwabara H, Omura K, Hirohashi S, Yamada T. Cancer Sci (2009)
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Development of a Data-mining System for Differential Profiling of Cell Glycoproteins Based on Lectin Microarray. 
Kuno A, Itakura Y, Toyoda M, Takahashi Y, Yamada M, Umezawa A, Hirabayashi J. Journal of Proteomics & Bioinformatics (2008)

 

Use of a library of mutated Maackia amurensis hemagglutinin for profiling the cell lineage and differentiation. 
Maenuma K, Yim M, Komatsu K, Hoshino M, Takahashi Y, Bovin N, Irimura T. Proteomics (2008)  

 

Genetic variation in PSCA is associated with susceptibility to diffuse-type gastric cancer. 
Study Group of Millennium Genome Project for Cancer Nat Genet (2008) 

 

・CellDesigner 3.5: A Versatile Modeling Tool for Biochemical Networks. 
Funahashi A, Matsuoka Y, Jouraku A, Morohashi M, Kikuchi N, Kitano H. Proceedings of the IEEE (2008) 

 

The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. 
"Genome Information Integration Project And H-Invitational 2,Yamasaki C, et al." Nucleic Acids Res, Database issue (2008)  

 

Distinct gene expression-defined classes of gastrointestinal stromal tumor. 
Yamaguchi U, Nakayama R, Honda K, Ichikawa H, Hasegawa T, Shitashige M, Ono M, Shoji A, Sakuma T, Kuwabara H, Shimada Y, Sasako M, Shimoda T, Kawai A, Hirohashi S, Yamada T. J Clin Oncol (2008) 

 

・“CellDesigner: A Modeling Tool for Biochemical Networks.”, IEEE Special Issue on Computational 
Funahashi A, Jouraku A, Matsuoka Y, Morohashi M, Kikuchi N, Tanimura N, and Kitano H. Systems Biology (2007) 

 

Melina II: a web tool for comparisons among several predictive algorithms to find potential motifs from promoter regions 
Okumura T, Makiguchi H, Makita Y, Yamashita R, Nakai K. Nucleic Acids Res. (2007) 

 

Hyaline cartilage formation and enchondral ossification modeled with KUM5 and OP9 chondroblasts. 
Sugiki T, Uyama T, Toyoda M, Morioka H, Kume S, Miyado K, Matsumoto K, Saito H, Tsumaki N, Takahashi Y, Toyama Y, Umezawa A. J Cell Biochem (2007) 

 

・Strategy for simulation of CID spectra of N-linked oligosaccharides toward glycomics. 
Kameyama A, Nakaya S, Ito H, Kikuchi N, Angata T, Nakamura M, Ishida HK, Narimatsu H. J Proteome Res (2006) 

 

・Molecular cloning and characterization of a novel human beta1,3-glucosyltransferase, which is localized at the endoplasmic reticulum and glucosylates O-linked fucosylglycan on thrombospondin type 1 repeat domain. 
Sato T, Sato M, Kiyohara K, Sogabe M, Shikanai T, Kikuchi N, Togayachi A, Ishida H, Ito H, Kameyama A, Gotoh M, Narimatsu H. Glycobiology (2006) 

 

Label-free quantitative proteomics using large peptide data sets generated by nanoflow liquid chromatography and mass spectrometry. 
"Ono M, Shitashige M, Honda K, Isobe T, Kuwabara H, Matsuzuki H, Hirohashi S, Yamada T." Mol Cell Proteomics (2006) 
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A strategy for identification of oligosaccharide structures using observational multistage mass spectral library. 
Kameyama A, Kikuchi N, Nakaya S, Ito H, Sato T, Shikanai T, Takahashi Y, Takahashi K, Narimatsu H. Anal Chem (2005)

 

The carbohydrate sequence markup language (CabosML): an XML description of carbohydrate structures. 
Kikuchi N, Kameyama A, Nakaya S, Ito H, Sato T, Shikanai T, Takahashi Y, Narimatsu H. Bioinformatics (2005) 

 

Estimating immunoregulatory gene networks in human herpesvirus type 6-infected T cells. 
Takaku T, Ohyashiki JH, Zhang Y, Ohyashiki K. Biochem Biophys Res Commun (2005) 

 

Global analysis of the regulatory network structure of gene expression in Saccharomyces cerevisiae. 
Gunji W, Kai T, Takahashi Y, Maki Y, Kurihara W, Utsugi T, Fujimori F, Murakami Y. DNA Res (2004)

 

An integrated comprehensive workbench for inferring genetic networks: voyagene. 
Maki Y, Takahashi Y, Arikawa Y, Watanabe S, Aoshima K, Eguchi Y, Ueda T, Aburatani S, Kuhara S, Okamoto M. J Bioinform Comput Biol (2004)

 

・Molecular cloning and characterization ofbeta1,4-N-acetylgalactosaminyltransferases IV synthesizing N,N'-diacetyllactosediamine. 
Gotoh M, Sato T, Kiyohara K, Kameyama A, Kikuchi N, Kwon YD, Ishizuka Y, Iwai T, Nakanishi H, Narimatsu H. FEBS Lett (2004) 

 

・A novel human b1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase which synthesizes a unique carbohydrate structure, GalNAcb1-3GlcNAc. 
Hiruma T, Togayachi A, Okamura K, Sato T, Kikuchi N, Kwon YD, Nakamura A, Fujimura K, Gotoh M, Tachibana K, Ishizuka Y, Noce T, Nakamura H, Narimatsu H. J Biol Chem (2004) 

 

・Molecular cloning and characterization of a human multisubstrate specific nucleotide-sugar transporter homologous to Drosophila fringe connection.
Suda T, Kamiyama S, Suzuki M, Kikuchi N, Nakayama K, Narimatsu H, Jigami Y, Aoki T, Nishihara S. J Biol Chem (2004)

 

Discovery of Novel Transcription Control Relationships with Gene Regulatory Networks Generated from Multiple-disruption Full Genome Expression Libraries. 
Aburatani S, Tashiro K, Savoie CJ, Nishizawa M, Hayashi K, Ito Y, Muta S, Yamamoto K, Ogawa M, Enomoto A, Masaki M, Watanabe S, Maki Y, Takahashi Y, Eguchi Y, Sakaki Y, Kuhara S. DNA Res (2003) 

 

・Initiation of O-glycan synthesis in IgA1 hinge region is determined by a single enzyme, UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2. 
Iwasaki H, Zhang Y, Tachibana K, Gotoh M, Kikuchi N, Kwon YD, Togayachi A, Kudo T, Kubota T, Narimatsu H. J Biol Chem (2003)

 

・Cloning and characterization of a novel UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase, pp-GalNAc-T14. 
Wang H, Tachibana K, Zhang Y, Iwasaki H, Kameyama A, Cheng L, Guo J, Hiruma T, Togayachi A, Kudo T, Kikuchi N, Narimatsu H. Biochem Biophys Res Commun (2003)

 

・Molecular cloning and identification of 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate transporter. 
Kamiyama S, Suda T, Ueda R, Suzuki M, Okubo R, Kikuchi N, Chiba Y, Goto S, Toyoda H, Saigo K, Watanabe M, Narimatsu H, Jigami Y, Nishihara S. J Biol Chem (2003) 

 

・Characterization of a heparan sulfate 3-O-sulfotransferase-5, an enzyme synthesizing a tetrasulfated disaccharide. 
Mochizuki H, Yoshida K, Gotoh M, Sugioka S, Kikuchi N, Kwon YD, Tawada A, Maeyama K, Inaba N, Hiruma T, Kimata K, Narimatsu H. J Biol Chem (2003) 

 

・Chondroitin sulfate synthase-2. Molecular cloning and characterization of a novel human glycosyltransferase homologous to chondroitin sulfate glucuronyltransferase, which has dual enzymatic activities. 
Yada T, Gotoh M, Sato T, Shionyu M, Go M, Kaseyama H, Iwasaki H, Kikuchi N, KwonYD, Togayachi A, Kudo T, Watanabe H, Narimatsu H, Kimata K. J Biol Chem (2003) 

 

・Chondroitin sulfate synthase-3. Molecular cloning and characterization. 
Yada T, Sato T, Kaseyama H, Gotoh M, Iwasaki H, Kikuchi N, Kwon YD, Togayachi A, Kudo T, Watanabe H, Narimatsu H, Kimata K. J Biol Chem (2003) 

 

・Comparison of glycosyltransferase families using the profile hidden Markov model. 
Kikuchi N, Kwon YD, Gotoh M, Narimatsu H. Biochem Biophys Res Commun (2003) 

 

・Molecular cloning and characterization of a novel human beta 1,4-N-acetylgalactosaminyltransferase, beta 4GalNAc-T3, responsible for the synthesis of N,N'-diacetyllactosediamine, galNAc beta 1-4GlcNAc. 
Sato T, Gotoh M, Kiyohara K, Kameyama A, Kubota T, Kikuchi N, Ishizuka Y, Iwasaki H, Togayachi A, Kudo T, Ohkura T, Nakanishi H, Narimatsu H. J Biol Chem (2003) 

 

・Enzymatic synthesis of chondroitin with a novel chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase that transfers N-acetylgalactosamine to glucuronic acid in initiation and elongation of chondroitin sulfate synthesis. 
Gotoh M, Sato T, Akashima T, Iwasaki H, Kameyama A, Mochizuki H, Yada T, Inaba N, Zhang Y, Kikuchi N, Kwon YD, Togayachi A, Kudo T, Nishihara S, Watanabe H, Kimata K, Narimatsu H. J Biol Chem (2002) 

 

Development of a System for the Inference of Large Scale Genetic Networks. 
Maki Y, Tominaga D, Okamoto M, Watanabe S, Eguchi Y. Pac Symp Biocomput (2001) 

 

Cross Talk of Prolyl Isomerases, Pin1/Ess1 and Cyclophilin A. 
Fujimori F, Gunji W, Kikuchi J, Mogi T, Ohashi Y, Makino T, Oyama A, Okuhara K, Uchida T, Murakami Y. BBRC (2001) 

著書

多層オミックス解析と統合データベース構築 
青木健一, 錦織充広, 田中啓太, 五味雅裕, 斎藤嘉朗, 吉田輝彦, 南野直人, オミックスで加速するがんバイオマーカー研究の最新動向:遺伝子医学MOOK(2015)
脂質同定アプリケーションLipid Searchとその活用法 
横井靖人、田口良 メタボロミクス:その解析技術と臨床・創薬応用研究の最前線 (2009) 
CabosDB: Carbohydrate Sequencing Database 
Kikuchi N. Experimental Glycoscience (2008)
An XML Description of Carbohydrate Structures 
Kikuchi N. Experimental Glycoscience (2008)
Comparison of Glycosyltransferase Families Using the Profile Hidden Markov Model. 
Kikuchi N. Experimental Glycoscience (2008) 
A Novel Lectin-Affinity Database for Structural Glycomics 
Takahashi Y, Hirabayashi J. Experimental Glycoscience (2008)
タンパク質結晶の新展開―新しい育成技術から構造解析・応用研究へ― 
福岡良忠、奥村利幸 (2008)
Bioinformatics for comprehensive finding and analysis of glycosyltransferases. 
Kikuchi N, Narimatsu H. Biochim Biophys Acta (2006) 
バイオインフォマティクスの糖鎖研究への貢献 
菊池紀広 バイオテクノロジージャーナル (2006) 
糖鎖構造解析データベースシステム 
菊池紀広、亀山昭彦、平林淳、成松久、梶裕之 未来を拓く糖鎖科学 (2005)
XMLによる糖鎖記述法 
菊池紀広 未来を拓く糖鎖科学 (2005) 
プロファイル隠れマルコフモデルを用いた糖転移酵素ファミリーの分類 
菊池紀広 未来を拓く糖鎖科学 (2005) 
レクチンと糖鎖構造の相互作用を格納したレクチンデータベースシステムの開発 
高橋順子 未来を拓く糖鎖科学 (2005) 
分子生物学 basic technique その21 データベースの活用 
菊池紀広 THE LUNG perspectives (2005) 
Comparison of glycosyltransferase families using the profile hidden Markov model. 
Kikuchi N, Kwon YD, Gotoh M, Narimatsu H. Trends in Glycoscience and Glycotechnology (2004) 
糖鎖修飾を決定する糖転移酵素の網羅的解析 
栂谷内晶、菊池紀広、工藤崇、成松久 蛋白質核酸酵素・増刊号「化学と生物学の接点がつくるNewバイオテクノロジー」 (2003)
感受性遺伝子の同定とバイオインフォマティクス 
三浦雄治、武田徹哉、青島健、江口至洋 実験医学増刊 (2001) 
遺伝情報解析とDNAコンピュータ 
牧野徹、中島隆夫、陶山明 応用物理 (2001) 
マイクロアレイインフォマティクス 
Maki Y, et al. 実験医学別冊 ゲノム機能研究プロトコール (2000) 
マイクロアレイインフォマティクス 
Maki Y, et al. 遺伝子医学 (2000) 
ゲノム配列の結合編集とアノテーション 
大山 彰 ゲノム情報生物学 (2000)

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お問い合わせ

担当部門:バイオメディカル室 電話番号:03-6376-1291