核酸解析プラットフォーム AQXeNA 「AQXeNA」

MS1スコアは同位体分布の一致度、MS2スコアはフラグメントマッチングの精度から算出されます。
The MS1 score is based on the isotope pattern matching, and the MS2 score reflects the match between theoretical and observed fragment ions.

はい。設定画面で指定可能です。
Yes, you can specify fragment types in the parameter settings.

主要メーカーのLC-MSデータに対応しています（詳細はお問い合わせください）。
AQXeNA supports raw data from major mass spectrometer vendors. Please contact us for a detailed list.

はい。バッチ実行機能により、複数ファイルを一括解析できます。
Yes. The batch execution feature lets you analyze multiple files at once.

AQXeNAは生データファイルを取り込んで分析するソフトウェアです。装置との直接接続は行いません。
No, AQXeNA processes imported raw data files; it does not connect directly to LC-MS instruments for real-time analysis.

はい。未消化サンプルでも分析可能です。
Yes, non-digested samples can be analyzed.

カスタマイズ対応の専用バージョンで特定酵素の追加が可能です。
Yes, custom enzymes can be incorporated upon request via a customized version of AQXeNA.

短鎖から長鎖まで、DNA・RNA・修飾核酸など幅広いオリゴヌクレオチドに対応しています。
AQXeNA supports a wide range of oligonucleotides, including DNA, RNA, and chemically modified oligos, from short to long sequences.

はい、対応しています。Cap構造はAQXeNA内でターミナス（末端構造）として登録でき、分析に使用可能です。
Yes, AQXeNA supports cap structures. They can be registered as terminal modifications (termini) and used in analysis.

ヌクレオシドエディターで基本構造と組成を入力し、ライブラリに追加して登録します。
You can use the Nucleoside Editor to define the base structure and elemental composition, then add it to your library.

標準ではFASTA形式が推奨ですが、エディターで手入力や直接編集も可能です。
FASTA files are recommended, but sequences can also be built manually or edited directly within the Sequence Editor.

いいえ。同じ条件であれば結果は常に再現されます。
No, Results are reproducible under identical analysis conditions.

ユニークタブで選択した修飾は、シーケンス上で特定の記号で表示されます。
Modifications selected from the Unique tab are visualized with specific characters in the sequence view.

IUPACコードには対応していません。専用エディターで個別に定義していただく必要があります。
No, IUPAC codes are not supported. You need to define each nucleotide individually using the dedicated editor.

はい。入力エラーや構造矛盾はアラート表示され、修正を促します。
Yes, AQXeNA displays alerts for input errors or structural inconsistencies to prompt corrections.

はい、画像や表形式でエクスポート可能です。
Yes, results can be exported in image or tabular formats for reporting and documentation.

いいえ。NGSデータには対応しておらず、LC-MS由来の質量分析データ専用です。
No, AQXeNA does not support NGS data. It is designed specifically for LC-MS mass spectrometry data.

可能です。マッピング結果でカバレッジ率として可視化されます。
Yes, partial sequences can be analyzed, with coverage shown visually in the mapping results.

許容誤差はパラメータ設定で調整可能です（ppm単位）。
The allowed deviation (in ppm) can be adjusted in the parameter settings.

はい。プロジェクト単位で保存し再利用できます。
Yes, parameter presets can be saved and reused on a project basis.

はい。保存されたジョブは後から詳細なレビューや出力が可能です。
Yes, saved jobs can be reviewed and results can be exported or reanalyzed later.

結果は自動計算されますが、重要な判断には人の確認を推奨しています。
Although results are computed automatically, human review is recommended for critical decision-making.

リンカーエディターで登録できます。
Yes, they can be registered via the Linker Editor.

現在は２つまでですが、３つ以上のマージへの対応を早めに行う予定です。
Currently, up to two datasets can be merged, but support for merging three or more datasets is planned in the near future.

はい。RNAワクチン配列を含む長鎖RNAに対応しており、適切な消化酵素の組み合わせにより高いカバレッジが得られます。
Yes. AQXeNA supports long RNA constructs, including RNA vaccine sequences. Using appropriate combinations of digestion enzymes can help achieve high coverage.

部分的には可能ですが、特殊構造には制約があるため、事前のご相談を推奨します。
Partially yes, but special structures like cross-links or circular RNAs have limitations. Please consult us in advance.

はい、追加のmodification textに置換内容を定義しFASTAファイルと同時に読み込むことで、そのような置換体もin silicoで考慮されるようになります。
Yes, by defining the replacement in an additional modification text file and importing it together with the FASTA file, such substitutions can also be considered in silico during analysis.

自動検出機能はありませんので、ファイル管理にご注意ください。
No automatic duplicate detection is implemented, so users should manage files carefully.

いいえ。AQXeNAを閉じるとジョブは停止しますので、分析中はソフトを開いたままにしてください。
No, if AQXeNA is closed, the job will stop. Please keep the software open during analysis.

原理的には可能ですが、処理時間やメモリに制約がありますので事前確認をおすすめします。
In principle, yes. However, processing time and memory load should be considered. Please consult us for large datasets.

はい。分析ログやエラーログを出力できます。サポート問い合わせ時にも活用します。
Yes, AQXeNA can output analysis and error logs, which are useful for troubleshooting and technical support.

現在は英語のみ対応しています。
Currently, AQXeNA supports English only.

操作に不安がある方にも安心してご利用いただけるよう、導入時の操作説明会、マニュアル提供、オンラインデモサポート、QA対応を行っています。導入後も技術サポート窓口を通じて継続的に支援いたします。
We offer ongoing support via email during business hours under a maintenance agreement.

現状はオンプレミス版のみで、インストールが必要です。
Currently, AQXeNA is available as an on-premises system requiring installation.

現時点ではオンプレミス版のみですが、クラウド対応も検討中です。
Currently, AQXeNA is available as an on-premises solution, but a cloud version is under consideration.

Windows 10/11（64ビット）、8コアCPU、32 GB RAM、2 TB HDD、500 GB以上のSSDを推奨します。
Windows 10/11 (64-bit), 8-core CPU, 32 GB RAM, 2 TB HDD, and at least a 500 GB SSD are recommended.

標準版にはありませんが、要件次第でカスタム対応可能です。
Not in the standard version, but custom implementations can be discussed based on your requirements.

AQXeNAの特長：
・特許取得済みAriadneアルゴリズムによる高精度フラグメント同定
・MSE形式を含む各種LC-MS/MSデータへの最適化
・数千塩基規模の長鎖RNA解析に対応
・ユーザーが編集・拡張可能な修飾核酸データベース。
AQXeNA offers: 
• Highly accurate fragment identification using the patented Ariadne algorithm 
• Optimization for various LC-MS/MS data formats, including MSE 
• Capability to analyze long-chain RNAs with thousands of nucleotides 
• A user-editable, extensible database for modified nucleotides.

GMP準拠設計ではありませんが、バリデーション支援や対応カスタマイズはご相談可能です。
AQXeNA is not GMP-compliant by default, but validation support and custom compliance adaptations can be discussed.

研究用途を前提としていますが、ご要望次第で製造用途への導入支援も可能です。
AQXeNA is primarily designed for research use, but support for implementation in manufacturing can be discussed upon request.